公司非法经营时，总经理是否需要承担责任需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、总经理需承担责任的情形
直接参与决策和实施：
- 若总经理亲自参与公司非法经营活动的决策过程，并积极参与实施，如组织财务人员进行虚假纳税申报以逃避税款，或者主导生产、销售假冒伪劣产品等，那么总经理将作为直接责任人面临行政处罚，情节严重者还可能构成犯罪，需承担刑事责任。
明知违法而不制止：
- 当总经理知晓公司存在非法经营行为，却出于个人利益、业绩压力等原因未采取任何措施制止，甚至默许或纵容时，同样需承担责任。例如，明知公司存在走私行为却不向相关部门举报，导致走私活动持续进行，总经理将因此受到法律处罚。
管理不善导致公司违法：
- 总经理作为公司高级管理人员，若未能建立健全内部管理体系，导致公司在运营中出现非法经营行为，如缺乏有效的合规审查机制，使重要业务决策和合同签订未经合法性审查，总经理将因管理不善而承担相应责任。同时，总经理还需对公司员工进行必要的法律培训和监督。若未履行此职责，导致员工因不懂法而违规操作，给公司带来法律风险，总经理亦需承担管理责任。
二、总经理可能不承担责任的情形
不知情的合理情形：
- 在某些情况下，公司的非法经营行为可能是由个别部门或员工在未经总经理授权或知晓的情况下实施的。若总经理已建立合理的监督机制和内部管理制度，尽到了应有的注意义务，并对非法经营行为并不知情，那么他可能不需要承担直接的法律责任。例如，销售人员私自与客户进行非法交易，若总经理对此并不知情且公司有完善的销售审批制度，则一般不需对该销售人员的非法行为负责。
证明责任与证据要求：
- 然而，对于总经理是否“不知情”以及是否“尽到管理职责”，需有充分证据来证明。这通常涉及公司内部管理文件、会议记录、工作流程、总经理的工作履历和专业背景等多方面因素。若总经理无法提供足够证据证明自己的清白和管理职责的履行，仍可能被认定需承担一定责任。
三、法律后果与建议
- 法律后果：依据相关法律法规，公司非法经营可能涉及多种责任形式，如行政责任、民事赔偿责任甚至刑事责任。总经理若存在过错，可能面临罚款、吊销执照、刑事处罚等后果。同时，其行为给公司造成损失的，公司有权要求赔偿。
- 建议：作为公司的高级管理人员，总经理应时刻保持警惕，确保公司运营合法合规。建立健全内部管理体系，加强对员工的法律培训和监督，及时发现并制止非法经营行为。若发现公司存在非法经营行为，应立即向相关部门报告并配合调查。
总之，公司非法经营时总经理是否担责要综合考量其在违法事件中的具体行为、过错程度及与违法事项的关联等因素，由法律根据实际情况判定。如果您或您的公司面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。