无产权证的自建房签订的买卖协议是否有效，需分情况讨论，具体结论及分析如下：
一、合同可能有效的情形
房屋合法建造，仅未办理产权证
若自建房符合当地规划、用地等规定，建造时经过合法审批（如取得乡村建设规划许可证、宅基地使用权证等），且买卖双方具备完全民事行为能力，意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定及公序良俗，则合同有效。
法律依据：根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。未办理产权证仅影响物权变动效力（即无法过户），但不影响合同效力。
示例：甲在农村合法宅基地上自建房屋，未办理房产证，后与同村村民乙签订买卖合同。因双方身份合法、房屋建造合规，合同有效。
同一集体经济组织成员间买卖
农村宅基地上的自建房若在同一集体经济组织成员之间交易，即使无房产证，合同一般有效。因宅基地使用权具有身份属性，此类交易符合政策导向。
法律依据：根据《土地管理法》及相关司法解释，宅基地使用权可在本集体经济组织内部流转。
卖家能证明合法所有权
若卖家虽无房产证，但能提供建房审批文件、宅基地使用证、村委会证明等材料，证明其对房屋享有合法所有权，且合同内容明确、双方意思表示一致，合同亦有效。
二、合同可能无效的情形
房屋为违法建筑
若自建房未经合法审批（如未取得规划许可、占用耕地或基本农田），属于违法建筑，则基于此类房屋签订的买卖合同无效。因违法建筑无法取得合法产权，标的物不合法导致合同无效。
法律依据：根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。
示例：丙在未取得规划许可的情况下擅自占用耕地建房，后与丁签订买卖合同。因房屋违法，合同无效。
非本集体经济组织成员购买
农村宅基地使用权仅限于本集体经济组织成员享有，非成员购买可能损害集体利益，合同通常无效。
法律依据：根据《土地管理法》第62条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且宅基地使用权不得出让、转让给非本集体经济组织成员。
三、合同无效后的法律后果
财产返还与折价补偿
合同无效后，因合同取得的财产应返还；无法返还或没必要返还的，应折价补偿。
示例：若合同无效，买家已支付房款，卖家需返还；若房屋已交付，买家需返还房屋（如无法返还，则按市场价折价补偿）。
过错方赔偿损失
有过错方需赔偿对方损失；双方都有过错的，各自承担相应责任。
示例：若卖家明知房屋违法仍出售，需赔偿买家损失；若买家未尽审查义务，亦需承担部分责任。
四、风险提示与建议
无法过户的风险
无房产证的房屋无法办理产权过户，买家可能无法取得完整产权，面临卖方反悔、房屋被拆迁时补偿款分配纠纷等问题。
审查义务
买家在购买前应要求卖家提供建房审批文件、宅基地使用证等材料，并到村委会、国土部门核实房屋合法性。
合同条款设计
建议在合同中明确约定“若房屋因合法性问题导致无法过户，卖方需承担违约责任”，以降低风险。
总结：无产权证的自建房买卖协议是否有效，需结合房屋合法性、买卖双方身份、合同内容等因素综合判断。若您涉及此类交易，建议携带相关材料（如建房审批文件、合同草案等）向我咨询，以便进一步分析风险并设计保障条款。