结论前置：在劳动起诉后中途收到小额款项，需根据款项性质、诉讼阶段及双方协商情况综合处理，具体如下：

1. 明确款项性质，判断是否影响诉讼主张

• 若款项为部分履行（如用人单位主动支付部分工资、经济补偿）：
  需在诉讼中明确该款项的性质（如是否对应起诉请求中的某项金额），并调整诉讼请求。例如，若起诉要求支付拖欠工资1万元，中途收到3000元，可变更诉讼请求为“支付剩余工资7000元”，避免因未及时变更被法院认定“重复主张”。
  法律依据：《民事诉讼法》第143条（原告增加、变更诉讼请求需在举证期限届满前提出），但实践中法院可能允许庭审中口头变更。

• 若款项为赔偿或补偿（如用人单位自愿支付额外款项）：
  需明确该款项是否构成对诉讼请求的“部分和解”。若双方达成书面和解协议，可申请撤诉或由法院出具调解书；若仅为单方支付，需保留支付凭证，并在诉讼中说明该款项不包含在起诉范围内。

2. 根据诉讼阶段调整策略

• 诉讼前或立案阶段：
  收到款项后，可与用人单位协商书面确认款项性质（如“支付XX月工资，剩余XX元未支付”），并据此调整起诉金额。若协商无果，需在起诉状中明确已收款项及剩余诉求。

• 庭审阶段：
  需在法庭调查阶段主动说明已收款项，并提交银行流水、收据等证据。若未主动说明，可能被法院认定为“隐瞒事实”，影响裁判结果。

• 判决后执行阶段：
  若判决已生效，用人单位中途支付小额款项，可向法院申请执行剩余金额。需在执行申请中注明已收款项，避免重复执行。

3. 协商与诉讼的平衡

• 若希望继续诉讼：
  需明确拒绝用人单位“以部分支付换取撤诉”的要求，并保留书面沟通记录（如微信、邮件）。若用人单位以“已支付部分”为由抗辩，可主张“部分履行不构成诉讼障碍”。

• 若考虑和解：
  可与用人单位签订书面和解协议，明确剩余款项支付时间及违约责任。和解协议经法院确认后，具有强制执行力。

4. 风险防范建议

• 保留证据：所有款项往来需通过银行转账（备注款项性质），避免现金支付。
• 书面确认：收到款项后，要求用人单位出具书面说明（如“此款为XX月工资，剩余XX元未支付”）。
• 及时沟通：若诉讼中收到款项，需在3日内联系法官或书记员说明情况，避免程序延误。

总结：劳动起诉后收到小额款项，核心在于“明确款项性质+调整诉讼策略+保留证据”。若处理不当，可能影响诉讼结果或执行效率。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合案情提供针对性方案。