将公司违法行为进行举报，一般不属于违反保密协议的行为。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
保密协议的定义与范围
保密协议，是指协议当事人之间就一方告知另一方的书面或口头信息，约定不得向任何第三方披露该等信息的协议。其核心目的在于保护商业秘密，防止信息的不当泄露给权利人带来损失。然而，保密协议所保护的信息范围通常是有限的，主要限于商业秘密，如技术秘密、经营信息等，并不涵盖公司的所有信息，尤其是公司的违法行为。
举报公司违法行为的性质
举报公司违法行为是公民或员工的合法权利，也是履行社会责任的体现。当发现公司存在违法行为时，如环境污染、偷税漏税、欺诈等，员工或公民有权向相关部门进行举报。这种举报行为是基于法律的规定和道德的要求，与保密协议所保护的商业秘密无直接关联。
保密协议与举报行为的法律关系
保密协议无效的情形：如果保密协议本身存在违法内容，如要求员工对公司的违法行为保密，那么该协议部分或全部内容可能被视为无效。因为法律不会保护非法的约定，员工无需遵守此类无效的保密条款。
举报行为不违反保密协议：在保密协议合法有效的情况下，员工举报公司的违法行为通常也不构成违约。因为举报行为针对的是公司的违法行为，而非保密协议所保护的商业秘密。除非保密协议中明确将举报违法行为列为违约行为，但这种情况在现实中极为罕见，且可能因违反法律强制性规定而无效。
法律建议
审查保密协议：在举报前，员工应仔细审查保密协议的内容，确保举报行为不违反协议中的明确约定。如果协议中存在模糊或不合法的条款，建议咨询专业律师进行解读。
依法举报：员工在举报公司违法行为时，应确保举报内容的真实性和准确性，并遵循相关的举报程序和法律规定。避免因举报不实或程序不当而给自己带来不必要的法律风险。
保护自身权益：如果员工因举报公司违法行为而遭受打击报复或侵犯权益，应及时向相关部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
综上所述，将公司违法行为进行举报一般不属于违反保密协议的行为。员工在举报前应仔细审查保密协议的内容，并依法进行举报，以保护自己的合法权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。