法院起诉后若两年内未执行完毕，是否会有案底取决于案件的具体性质和最终处理结果。以下是对此问题的详细分析：

一、案底的定义与形成条件

案底，通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪行为被法院判决有罪后留下的记录。这种记录是永久性的，会对个人的社会生活、职业发展等产生长远影响。案底的形成需要满足两个基本条件：一是存在犯罪行为，二是该行为被法院依法判决有罪。

二、法院起诉与执行的关系

1. 起诉阶段：法院起诉是刑事诉讼程序的开始，意味着检察机关认为被告人有犯罪嫌疑，并依法向法院提起公诉。此时，被告人尚未被判决有罪，因此不会形成案底。

2. 执行阶段：执行是指法院对已经发生法律效力的判决、裁定等法律文书所确定的内容付诸实施的行为。如果案件在两年内执行完毕，且最终判决被告人有罪，那么被告人将留下案底。如果执行未完毕，但判决已经生效且被告人被判有罪，同样会留下案底。

三、两年内未执行完毕的情况分析

1. 判决已生效但未执行完毕：

   • 如果法院已经判决被告人有罪，但因各种原因（如财产执行困难、被告人拒不履行等）在两年内未执行完毕，被告人仍然会留下案底。因为案底的形成取决于判决结果，而非执行进度。

2. 判决未生效或案件未审结：

   • 如果案件在两年内尚未审结，或者虽然审结但判决尚未生效（如正在上诉、抗诉期间），那么被告人此时不会留下案底。因为案底的形成需要以生效判决为前提。

四、法律建议与后果

1. 对于被告人：

   • 如果面临刑事指控，应积极配合调查，争取从轻或减轻处罚。
   • 如果判决已经生效，应尽快履行判决义务，以减少对个人生活的影响。
   • 对于未执行的判决，可以与执行机关沟通，了解执行进度和原因，并寻求解决方案。

2. 对于社会公众：

   • 应增强法律意识，遵守法律法规，避免犯罪行为的发生。
   • 对于已经留下案底的人员，应给予一定的理解和包容，鼓励其重新融入社会。

总结来看，法院起诉后若两年内未执行完毕，是否会有案底取决于案件的具体性质和最终处理结果。如果判决已经生效且被告人被判有罪，那么无论执行是否完毕，被告人都会留下案底。因此，建议面临刑事指控的人员积极应对，争取最有利的法律结果。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。