针对您提出的“申请执行人有债务时，债务应如何处理”的问题，这实际上涉及到了执行程序中申请执行人自身债务的处置问题，不过通常我们更关注的是被执行人的债务执行。但既然您问到了申请执行人的情况，我会从几个方面来详细解答。
一、申请执行人自身债务的常规处理
债务清偿顺序：
- 申请执行人如果自身也有债务，首先需要明确的是，其债务清偿应遵循法律规定的顺序，如优先清偿有担保的债权、职工工资、税款等，再清偿普通债权。
- 如果申请执行人同时是多个案件的被执行人，其财产可能被多个法院查封、扣押或冻结，此时需要按照法院的协调或参与分配程序来处理。
与被执行人债务的区分：
- 申请执行人自身的债务与其作为申请执行人要求被执行人履行的债务是两个独立的法律关系。
- 申请执行人不能因其自身的债务未清偿而免除或延缓其对被执行人债务的执行请求。
二、申请执行人债务对执行程序的可能影响
执行能力受限：
- 如果申请执行人因自身债务过多而导致执行能力受限（如财产被大量查封、扣押），可能会影响其向法院提供执行担保或支付执行费用的能力。
- 在这种情况下，法院可能会要求申请执行人提供额外的担保或证明其有足够的资金来支持执行程序。
参与分配程序：
- 如果申请执行人同时也是其他案件的被执行人，且其财产不足以清偿所有债务，那么它可能需要参与分配程序。
- 在参与分配程序中，申请执行人的债权将与其他债权按比例受偿。
三、针对申请执行人债务的特殊处理建议
主动披露债务情况：
- 申请执行人在向法院申请执行时，应主动披露其自身的债务情况，以便法院全面了解其财务状况和执行能力。
寻求法律援助或债务重组：
- 如果申请执行人因自身债务问题而面临执行困难，可以考虑寻求法律援助或进行债务重组。
- 法律援助可以帮助申请执行人更好地理解法律程序和权利，而债务重组则可能通过协商或法律程序来调整债务结构，减轻执行压力。
与被执行人协商：
- 在某些情况下，申请执行人可以与被执行人协商，通过达成执行和解协议来暂缓或调整执行程序。
- 这可能包括延长还款期限、分期还款或调整还款金额等。
四、总结与建议
- 申请执行人自身的债务与其作为申请执行人要求被执行人履行的债务是两个独立的法律关系，应分别处理。
- 申请执行人应主动披露其债务情况，以便法院全面了解其财务状况和执行能力。
- 如果面临执行困难，申请执行人可以考虑寻求法律援助、进行债务重组或与被执行人协商达成执行和解协议。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。