结论前置：机动车所有人因第三方维修不当造成车辆自燃损毁，保险公司是否赔偿需分情况讨论，具体如下：

1. 若保险合同中明确约定“第三方维修不当导致损失”属于免责范围
   根据《保险法》第十七条，保险公司需对免责条款履行明确说明义务（如加粗、单独提示等）。若保险公司已尽到说明义务，且车主在投保时签字确认，则保险公司有权拒赔。此时，车主需向维修方主张侵权责任（如维修过失导致电路短路引发自燃）。

2. 若保险合同未明确排除“第三方维修不当”的赔偿责任
   根据《保险法》第六十条，因第三者（维修方）对保险标的的损害造成保险事故的，保险公司仍需先行赔偿，但赔偿后有权向维修方追偿。此时，车主可要求保险公司按合同约定赔付车辆损失，再由保险公司与维修方解决责任划分问题。

3. 若车主未如实告知车辆维修情况（如私自改装电路后维修）
   根据《保险法》第十六条，若车主故意或因重大过失未履行如实告知义务，足以影响保险公司决定是否承保或提高费率的，保险公司有权解除合同并不承担赔偿或给付保险金的责任。此时，车主可能面临无法获赔的风险。

关键提示：

• 车主需保留维修合同、付款凭证、自燃现场照片等证据，以证明维修方存在过错。
  
• 若保险公司拒赔，车主可通过诉讼主张权利，但需注意保险合同中的“诉讼时效”条款（通常为2年）。
  
• 日常建议：选择正规维修机构，维修后要求出具书面质量保证，并留存维修记录。
  

如有进一步细节（如保险条款具体内容、维修过程等），可直接向我咨询，我会结合证据材料为您详细分析。