结论：汽车在修理厂自燃，保险公司三者险是否赔偿需分情况讨论，主要取决于自燃原因、保险条款约定及是否存在免责情形。以下从不同角度展开分析：

1. 若自燃由被保险车辆自身原因导致（如线路老化、油路泄漏等），且未涉及第三方财产或人身损害

• 三者险不赔：第三者责任险（简称“三者险”）的赔偿范围是“被保险车辆在使用过程中因意外事故导致第三方遭受的人身伤亡或财产直接损毁”。若自燃仅造成被保险车辆自身损失，或未波及第三方，则不属于三者险的赔偿范围。
• 可能涉及的其他保险：若车辆投保了“自燃险”（属于车损险附加险），则自燃导致的车辆自身损失可由自燃险赔偿；若未投保自燃险，则车辆损失需由车主自行承担。

2. 若自燃因修理厂过错导致（如维修操作不当、未妥善保管车辆等），且造成第三方损害

• 三者险可能赔偿，但需满足条件：
  • 因果关系：需证明自燃与修理厂的过错存在直接因果关系（如维修工违规操作引发火灾）。
  • 保险条款约定：若保险条款未将“修理厂过错导致的自燃”列为免责情形，且自燃属于“意外事故”，则三者险可能赔偿第三方损失（如修理厂内其他车辆、设备或人员伤亡）。
  • 免责情形排除：若保险条款明确约定“因修理厂责任导致的事故”属于免责范围，或自燃被认定为“故意行为”（如车主纵火），则三者险不赔。
• 修理厂的责任：即使三者险不赔，车主仍可依据《民法典》第1165条（过错责任原则）向修理厂主张侵权赔偿。

3. 若自燃原因无法查明，或属于“不明原因自燃”

• 三者险可能拒赔：保险合同通常约定“不明原因火灾”属于免责情形，除非车主能证明自燃与保险事故（如碰撞、倾覆）有关。
• 举证责任：车主需承担初步举证责任，证明自燃属于保险事故范畴；若无法证明，保险公司可能拒赔。

4. 关键操作建议

• 立即报案：发生自燃后，车主应第一时间报警并通知保险公司，保留现场证据（如照片、视频、消防部门出具的火灾原因认定书）。
• 审查保险条款：核对三者险及车损险的保险条款，重点关注“保险责任”“责任免除”条款，确认自燃是否属于赔偿范围。
• 固定修理厂过错证据：若怀疑自燃因修理厂导致，需收集维修记录、监控录像、证人证言等证据，以便后续追责。
• 协商或诉讼：若保险公司拒赔，车主可与保险公司协商；协商无果的，可向法院起诉，同时可将修理厂列为共同被告（若涉及第三方损害）。

总结：三者险是否赔偿需结合自燃原因、保险条款及修理厂责任综合判断。建议车主在处理此类事件时，优先固定证据、审查合同，并根据具体情况选择维权路径。如有进一步疑问，可直接向我咨询。