行政事业单位往来款长期挂账主要违反了《行政单位财务规则》中的相关规定。具体来说，这一行为违反了该规则中关于加强应收及预付款项管理、严格控制规模并及时进行清理、不得长期挂账的要求。

详细来说，往来挂账是指行政事业单位在开展经济业务活动中形成的各种应收、应付款项，这些款项可能源于单位内部的经济活动，也可能源于与外部的经济业务往来。根据《行政单位财务规则》第三十七条（部分信息中提及为第三十八条，但核心内容一致），行政单位应当加强对应收及预付款项的管理，这意味着需要严格控制这些款项的规模，并确保它们能够得到及时的处理和清理，避免长期挂账的情况发生。

长期挂账不仅可能导致单位财务状况的失真，还可能引发一系列财务风险和管理问题。例如，它可能掩盖了单位真实的财务状况，使得管理层无法准确判断单位的资金流动和偿债能力；同时，长期挂账的款项也可能因为时间过长而难以追回，造成单位的资产损失。

因此，行政事业单位应当严格遵守《行政单位财务规则》中的相关规定，加强对应收及预付款项的管理，确保这些款项能够得到及时、有效的处理和清理，以维护单位的财务健康和稳定。