结论：与村股份经济合作社签订集体土地使用权合同，对方一般需要开具发票，但具体是否必须开具需结合交易性质、税收政策及合同约定综合判断。以下从法律、税务及实务操作角度展开分析：

一、法律层面：发票开具的法定义务

根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。村股份经济合作社作为集体土地使用权的出让方，若其收取的土地使用费属于“经营性收入”（如通过出租、出让集体土地获取收益），则负有开具发票的法定义务。

例外情形：若集体土地使用权转让属于非经营性行为（如政府划拨、无偿使用等），或符合税收优惠政策（如部分地区对集体土地流转的免税规定），则可能无需开具发票。但此类情形需以税务部门明确文件为准。

二、税务层面：发票与税收征管的关系

1. 增值税角度：集体土地使用权转让是否缴纳增值税，需区分土地性质：

   • 若土地为集体经营性建设用地（符合国土空间规划且已依法登记），其使用权出让可能涉及增值税（一般按“销售无形资产-土地使用权”税目征税），此时合作社需开具增值税发票；
   • 若土地为农用地（如耕地、林地），且未改变用途，通常不涉及增值税，但可能涉及其他税费（如契税、印花税），此时是否开具发票需结合地方政策。

2. 企业所得税/个人所得税角度：合作社作为集体经济组织，其收入可能需缴纳企业所得税或个人所得税（如分配给成员的部分）。发票是税务机关核定收入、成本的重要凭证，未开具发票可能导致合作社无法税前扣除成本，或付款方面临无法抵扣进项税的风险。

三、实务操作：合同约定与风险防范

1. 合同条款设计：建议在合同中明确约定发票类型（如增值税专用发票或普通发票）、开具时间、违约责任（如未按时开票的违约金）。例如：

   “甲方（合作社）应在收到乙方（使用方）支付的土地使用费后XX个工作日内，向乙方开具合法有效的发票。若因甲方未开票导致乙方税务损失的，甲方应承担赔偿责任。”

2. 风险防范建议：

   • 付款前要求合作社提供税务登记证明及开票资质；
   • 若合作社拒绝开票，可向当地税务机关举报（税务机关有权责令限期改正并处罚款）；
   • 保留付款凭证、合同原件等证据，以备税务稽查或诉讼使用。

四、特殊情形：政府指导或免税项目

部分地区对集体土地流转有专项政策（如扶贫项目、乡村振兴用地），可能免征增值税或企业所得税。此时需以地方税务部门出具的免税文件为依据，即使免税，合作社也应开具“免税发票”以证明收入合法性。

总结：除非交易符合法定免税条件或属于非经营性行为，否则村股份经济合作社有义务开具发票。建议签订合同前核实当地税务政策，并在合同中明确开票条款，以降低税务风险。如有具体案例或地方政策疑问，可进一步提供细节，我将结合实际情况深入分析。