针对同一笔款项，若存在签署时间不同的借款协议和投资款协议，应以哪份合同为准，这主要取决于双方的真实意思表示、合同的实际履行情况以及相关证据。以下是从不同角度进行的分析：

1. 双方真实意思表示

• 若双方明确约定款项性质：如果双方在签署协议时，已经明确约定了该笔款项是借款还是投资款，并且这一约定在两份协议中均有体现（尽管签署时间不同），那么通常应以最后签署且双方均认可真实意思的协议为准。
• 若双方意思表示不一致：如果两份协议对款项性质的规定存在冲突，且双方无法就真实意思表示达成一致，那么可能需要通过其他证据（如转账备注、聊天记录、邮件往来等）来辅助判断双方的真实意图。

2. 合同实际履行情况

• 借款协议的实际履行：如果款项已经按照借款协议的约定进行了出借和偿还（或部分偿还），且双方对此无异议，那么借款协议可能被视为双方实际履行的合同。
• 投资款协议的实际履行：同样，如果款项已经按照投资款协议的约定进行了投资，并且投资者已经参与了被投资方的经营管理或分享了投资收益，那么投资款协议可能被视为双方实际履行的合同。
• 实际履行与协议不符：如果实际履行情况与任何一份协议都不符，那么可能需要通过诉讼或仲裁等方式，由法院或仲裁机构根据双方提供的证据和实际情况来判断哪份协议更符合双方的真实意图。

3. 相关证据

• 转账记录：转账记录是判断款项性质的重要证据。如果转账时备注了“借款”或“投资款”，那么这将对判断款项性质产生重要影响。
• 其他书面证据：除了协议本身，双方之间的聊天记录、邮件往来、会议纪要等书面证据也可能对判断款项性质产生帮助。
• 证人证言：如果双方有共同的熟人或第三方见证了款项的交付和协议的签署过程，那么证人证言也可能成为判断款项性质的重要依据。

4. 法律后果与建议

• 法律后果：如果双方无法就哪份协议为准达成一致，且无法通过其他证据来判断真实意图，那么可能会引发诉讼或仲裁等法律纠纷。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将根据双方提供的证据和实际情况来作出裁决。
• 建议：为了避免此类纠纷的发生，建议双方在签署协议时明确约定款项的性质、用途、偿还方式等关键条款，并保留好相关证据。如果已经发生了纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

总结来说，针对同一笔款项签署的不同协议，应以哪份为准并没有一个固定的答案。它取决于双方的真实意思表示、合同的实际履行情况以及相关证据。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。