结论：公司车辆维修期间借用员工私车，是否可以申请替代同行费（通常理解为因使用私车产生的合理费用报销），需结合公司内部规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规综合判断，一般情况下，若符合相关规定且费用合理，可以申请报销。以下从不同角度详细分析：

1. 公司内部规章制度角度

• 有明确规定：若公司内部规章制度（如《车辆管理制度》、《费用报销管理办法》等）明确规定，在公司车辆维修期间，借用员工私车用于公务的，可按照一定标准报销油费、过路费、停车费等实际支出费用，则员工有权依据规定申请报销。
• 无明确规定：若公司内部无相关规章制度，或规章制度未涉及此类情形，则员工申请报销可能缺乏直接依据。此时，建议员工与公司协商，争取达成书面协议或补充规定，明确费用报销的标准和流程。

2. 劳动合同及附件约定角度

• 劳动合同有约定：若劳动合同或其附件（如《岗位职责说明书》、《福利待遇协议》等）中明确约定，员工因公司原因使用私车用于公务的，公司应承担相应费用，则员工可依据合同约定申请报销。
• 劳动合同无约定：若劳动合同无相关约定，则员工申请报销可能面临一定障碍。此时，员工可尝试与公司协商，或通过工会、职工代表大会等渠道提出建议，推动公司完善相关制度。

3. 法律法规角度

• 劳动法保护：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有权获得与其提供的劳动相应的报酬和福利待遇。若员工因公司原因使用私车用于公务，且该行为属于其工作职责的一部分，则公司应承担相应费用，否则可能构成对劳动者权益的侵害。
• 税务合规性：从税务角度，若公司报销员工私车用于公务的费用，需确保费用真实、合理，并符合税法规定。例如，油费、过路费等需有合法有效的票据作为报销依据；若涉及私车公用补贴，需按照税法规定代扣代缴个人所得税。

4. 实际操作建议

• 保留证据：员工在使用私车用于公务时，应保留相关票据（如油费发票、过路费发票等）和记录（如行驶里程、公务用途说明等），以便申请报销时提供证明。
• 与公司沟通：在申请报销前，建议员工与公司相关部门（如财务部、行政部等）沟通，了解报销流程和所需材料，确保申请顺利。
• 协商解决：若公司拒绝报销或报销标准不合理，员工可尝试与公司协商，寻求双方都能接受的解决方案。

总结：公司车辆维修期间借用员工私车，是否可以申请替代同行费，需结合公司内部规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规综合判断。若符合相关规定且费用合理，员工有权申请报销。如有具体疑问或需要进一步帮助，可直接向我咨询。