针对您提出的“以不正当关系起诉到法院，被告如何处理”的问题，这实际上涉及到了在诉讼过程中，如果被告怀疑或发现存在可能影响案件公正审理的不正当关系时，应如何采取合法措施来维护自身权益。以下是我为您整理的详细建议：

一、了解并申请回避

首先，您需要了解《中华人民共和国民事诉讼法》中关于回避的规定。如果审判人员、书记员等与本案有利害关系，或是当事人、诉讼代理人的近亲属，或存在其他可能影响案件公正审理的关系，他们应当自行回避。您作为被告，也有权以口头或书面方式申请他们回避。在提出回避申请时，请详细说明理由，以便法院能够及时作出决定。

二、要求公开审判

公开审判是确保审判过程透明性的重要手段。除非涉及国家秘密、个人隐私或法律另有规定，人民法院审理案件应一律公开进行。您可以要求法院公开审判，以便接受公众监督，确保审判的公正性。

三、考虑申请指定管辖

如果您认为基层法院因对方关系可能无法公正审理您的案件，您可以向上级法院提出申请，请求指定其他法院管辖。这有助于避免潜在的不公正审判，确保您的案件能够得到公正处理。

四、积极收集并保留证据

在诉讼过程中，积极收集能证明对方与法院人员存在不正当关联的证据至关重要。这包括书面材料、通讯记录、证人证言等。但请注意，证据必须通过合法途径取得，否则将不具有法律效力。在收集到足够证据后，您可以向上一级法院、同级人民检察院或监察委员会等监督机关反映情况，并提供详细的情况说明和相关证据线索。

五、积极应诉与准备答辩

作为被告，您在收到起诉状后，应积极应诉，并针对原告的起诉内容准备详细的答辩状。在答辩状中，阐述您的观点和反驳理由，同时提供相关证据支持。这有助于法院更全面地了解案件情况，作出公正的判决。

六、合理利用法律程序

在诉讼过程中，您应充分利用法律赋予的权利，如申请法院调查收集证据、申请证人出庭作证等。这些权利有助于增强您的诉讼地位，为您争取更好的诉讼结果。

七、尊重法院判决并履行义务

无论诉讼结果如何，您都应尊重法院的判决，并按照判决来履行相应的义务。这是维护法律权威性和严肃性的重要体现。如果您对判决结果有异议，可以在法定期限内提出上诉或申请再审。

八、谨慎借助舆论监督

虽然舆论监督有时能够引起社会的广泛关注，促使相关部门更加重视并妥善处理问题，但您在使用这一手段时必须谨慎。言论必须基于事实，不能进行恶意造谣和不实传播。否则，您可能会承担相应的法律责任。

总之，面对可能的司法不公，您应保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。同时，积极配合法院的工作，尊重法律程序，以争取最好的诉讼结果。