互殴后出具调解书并支付赔偿，是否会有案底，需分情况讨论：
若互殴行为未构成犯罪，仅涉及治安管理处罚：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对于因民间纠纷引起的打架斗殴等违反治安管理行为，情节较轻的，公安机关可以调解处理。经公安机关调解，当事人达成协议并履行的，不予处罚。
- 在此情况下，由于未受到治安管理处罚，因此不会留下案底。案底通常指的是犯罪记录，而治安管理处罚并不等同于犯罪记录。
若互殴行为构成犯罪，如故意伤害罪等：
- 如果互殴行为导致他人受伤，且伤情达到一定程度（如轻伤以上），则可能构成故意伤害罪等犯罪。
- 即便双方达成了调解协议并支付了赔偿，这并不能消除犯罪记录。因为犯罪记录是客观存在的，不会因为事后的调解或赔偿而消失。
- 在此情况下，犯罪记录会被记录在个人的刑事档案中，即通常所说的“案底”。这可能会对个人的未来产生一定影响，如影响就业、出国等。
法律建议：
- 对于互殴行为，无论是否构成犯罪，都应尽量避免。因为即便不构成犯罪，也可能受到治安管理处罚，对个人声誉和未来产生不良影响。
- 如果已经发生了互殴行为，并涉及到了赔偿和调解，建议尽快咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及可能面临的法律后果。
- 如果互殴行为已经构成了犯罪，那么除了接受法律的制裁外，还应积极配合相关部门的工作，争取从轻或减轻处罚。
后续行动指南：
- 如果您或您身边的人遇到了互殴等类似情况，建议立即报警并寻求法律帮助。
- 在处理此类事件时，务必保持冷静和理性，避免情绪化行为导致事态进一步恶化。
- 如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。