核心结论：因欠款起诉某公司时，若发票是他人代开的，可能面临证据效力、税务合规及法律责任风险，需根据代开原因、是否知情等具体情况采取不同应对措施。以下是具体分析：

1. 代开发票的合法性审查

• 若代开行为合法（如经税务机关授权代开，或符合《发票管理办法》中“临时需要发票”的代开情形），需提供代开授权文件、税务机关备案记录等证据，证明发票来源合法。此时发票可作为欠款证明，但需补充其他证据（如合同、送货单、对账单）形成完整证据链。
• 若代开行为违法（如无代开权限的第三方私自开具，或虚开发票），发票可能被认定为无效证据。此时需立即停止使用该发票作为起诉依据，转而收集其他证据（如银行转账记录、微信聊天记录、录音等）证明欠款事实。

2. 起诉时的证据补强

• 补充书面证据：若发票无效，需优先收集合同、订单、送货单等原始凭证，证明双方存在交易关系及欠款金额。
• 证人证言：可要求参与交易的员工、物流方等出具书面证言，或申请其出庭作证。
• 第三方鉴定：若对账单、送货单等存在争议，可申请司法鉴定确认签字真实性。
• 自认证据：若对方在电话、微信中承认欠款，需保存原始记录（如录音需未剪辑，微信需保留原始聊天记录）。

3. 税务合规风险应对

• 主动说明情况：在起诉材料中明确发票代开原因（如对方要求、财务疏忽等），并附上代开方与公司的关系证明（如合作协议、授权书），降低“恶意虚开”的嫌疑。
• 补缴税款：若代开发票涉及未缴税款，建议主动向税务机关补缴，避免被认定为“偷税漏税”而影响诉讼结果。
• 行政责任规避：根据《税收征收管理法》，虚开发票可能面临罚款（最高50万元），但若能证明非主观故意，可申请减轻处罚。

4. 法律责任风险防范

• 民事责任：若代开发票被认定为虚假证据，法院可能驳回基于该发票的诉求，但不影响其他证据的效力。需确保其他证据充分。
• 刑事责任：若代开发票涉及“虚开增值税专用发票罪”（如为骗取出口退税、抵扣税款），可能面临刑事追责。但普通欠款纠纷中，此风险较低，需结合代开金额、目的综合判断。

5. 诉讼策略建议

• 优先调解：若对方对欠款无异议，可申请法院调解，避免因发票问题导致诉讼拖延。
• 分案处理：若发票问题复杂，可先就欠款事实起诉，待法院认定事实后，再另行处理发票合规问题。
• 律师协助：建议委托律师梳理证据链，制定诉讼方案，尤其是涉及税务合规时，需专业律师与税务机关沟通。

总结：代开发票不影响起诉权利，但需根据合法性、证据效力调整诉讼策略。建议立即收集其他证据，主动说明代开原因，必要时补缴税款，以降低风险。如有具体证据材料，可进一步向我提供，我会为您制定更详细的诉讼方案。