在合同中明确工程款扣除5%作为质保金的条款时，需要确保条款内容详尽、合法且双方权益得到保障。以下是一个示例条款，您可以根据实际情况进行调整和完善：
工程质保金条款
甲方（发包方）：[甲方全称] 乙方（承包方）：[乙方全称]
鉴于甲、乙双方就[项目名称]工程签订了施工合同，为确保工程质量，明确双方在质保金方面的权利和义务，经协商一致，特订立本工程质保金条款。
一、质保金金额与比例
乙方同意按照工程总造价的5%作为工程质量保证金（以下简称“质保金”），即人民币[具体金额]元。
质保金将在乙方完成全部工程内容并经甲方验收合格后，从工程款中直接扣除。
二、质保金用途与返还
质保金仅用于工程质保期内的维修及质保期满后的返还。质保期内，如工程出现质量问题，乙方应在接到甲方书面通知后，按照约定时间履行维修职责。若乙方未按时履行，甲方有权委托具有相应资质的单位进行维修，实际发生的费用将从质保金中扣除。
工程质保期满后[具体天数，如30日]内，甲方应将已收取的质保金扣除合理支付部分（如有）后的余额无息返还给乙方。
三、双方权利与义务
甲方有义务妥善保管质保金，不得挪作他用。如因甲方管理不当导致质保金损失，甲方应承担相应责任。
乙方有义务确保工程质量符合合同约定及国家相关标准。质保期内，乙方应积极响应甲方的维修要求，及时履行维修义务。
四、违约责任
如甲方逾期不返还质保金或挪用质保金，甲方应承担由此引起的所有法律责任，包括但不限于支付违约金、赔偿乙方因此遭受的损失等。
如乙方在质保期内未按时履行维修义务，导致甲方委托第三方进行维修，乙方应承担第三方维修费用的全额或部分（根据实际情况约定比例），并承担因此给甲方造成的其他损失。
五、争议解决
本条款在履行过程中如发生争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向乙方所在地有管辖权的人民法院提起诉讼。
六、其他
本条款作为原施工合同的补充条款，与原合同具有同等法律效力。
本条款一式两份，甲、乙双方各执一份，自双方签字或盖章之日起生效。
甲方（签章）：[甲方签章] 乙方（签章）：[乙方签章] 签订日期：[具体日期]
请确保在签订合同前，双方对条款内容有充分的理解，并在必要时咨询法律专业人士的意见，以确保合同的合法性和有效性。