房产纠纷中，即使合同已经备案，开发商违约时仍需按照合同约定进行赔付。具体分析如下：

一. 合同备案与违约赔付的关系

1. 合同备案的性质：合同备案是行政管理的一种手段，主要是为了规范市场交易行为，保护交易双方的合法权益。备案本身并不改变合同的法律效力，也不影响合同中关于违约赔付的约定。
2. 违约赔付的依据：根据《民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这一规定明确了违约赔付的法律依据，与合同是否备案无关。

二. 违约赔付的具体操作

1. 查看合同约定：首先，应查看合同中是否有关于违约赔付的明确约定，包括违约金的数额或损失赔偿额的计算方法。
2. 协商或诉讼：如果开发商违约，购房者可以根据合同约定要求开发商进行赔付。双方可以协商解决，也可以向法院提起诉讼，由法院根据合同约定和实际情况作出判决。

三. 注意事项

1. 约定的合理性：如果合同中约定的违约金数额严重失当，如过高或过低，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当调整，以确保赔付的公平公正。
2. 证据的保留：在要求赔付时，购房者应提供充分的证据证明开发商的违约行为，以及因违约造成的损失。

我建议：在房产交易中，购房者应仔细阅读合同条款，特别是关于违约赔付的约定，以确保自己的合法权益得到保障。如遇开发商违约，应及时咨询专业律师，采取合适的法律措施维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。