关于刑事案件中扣除审限的鉴定期间从何时起计算的问题，这实际上涉及到刑事案件审理过程中审限的计算规则以及鉴定程序对审限的影响。

首先，我们需要明确刑事案件审限的一般起算时间：

1. 公诉案件：审限通常从法院受理检察院公诉时起算。
2. 自诉案件：审限则从法院受理自诉人提起的自诉时起算。

接下来，我们重点讨论鉴定期间对审限的影响：

在刑事案件审理过程中，如果需要进行鉴定（如法医鉴定、物证鉴定等），这段鉴定期间通常是不计入审限的。这是因为鉴定过程需要一定的时间来完成，且这段时间的长短往往不受法院或当事人的直接控制。

关于鉴定期间的起算：

• 鉴定期间一般从法院决定进行鉴定，并将相关材料送交鉴定机构时起算。
• 鉴定机构在收到材料后，会按照规定的程序进行鉴定，并出具鉴定报告。
• 鉴定报告出具后，法院会将其作为证据进行审查，并继续审理案件。

鉴定期间对审限的具体影响：

• 在鉴定期间，审限会相应扣除。也就是说，从法院决定鉴定到收到鉴定报告的这段时间，不会计入法院审理案件的总时间。
• 鉴定完成后，法院会恢复审限的计算，并在剩余的时间内完成案件的审理和宣判。

特殊情况的处理：

• 如果在鉴定过程中出现需要补充材料、重新鉴定等特殊情况，鉴定期间可能会相应延长。此时，审限的扣除也会相应调整。
• 法院在处理这类特殊情况时，会遵循相关法律法规的规定，确保案件的公正、公平审理。

综上所述，刑事案件中扣除审限的鉴定期间一般从法院决定进行鉴定并将相关材料送交鉴定机构时起算。在鉴定期间内，审限会相应扣除，待鉴定完成后恢复计算。如果您对具体的鉴定程序或审限计算规则有进一步的疑问，建议咨询专业的法律人士或查阅相关的法律法规。