当一审法院的判决在查明事实上清晰无误，但在法律适用上存在错误时，根据我国相关法律规定，二审法院会采取一系列措施来确保法律的正确实施和案件的公正处理。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
民事案件：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十七条第二款，若原判决、裁定认定事实无误但适用法律错误，二审法院有权以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更。
刑事案件：
- 依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百三十六条第二款，原判决认定事实无误但适用法律有错误，或者量刑不当的，二审法院应当改判。
行政案件：
- 按照《中华人民共和国行政诉讼法》第八十九条第二款，原判决、裁定认定事实无误但适用法律、法规错误的，二审法院依法改判、撤销或者变更。
二、二审法院的具体处理方式
依法改判：
- 在民事案件中，二审法院会重新审视案件事实，并根据正确的法律规定对当事人之间的权利义务关系进行重新判定。例如，在合同纠纷中，若一审法院对合同条款的解释或法律适用有误，二审法院将依据正确的法律规定和合同解释原则重新分配权利义务。
- 在刑事案件中，若一审法院对犯罪事实的认定无误，但在罪名认定或量刑上适用法律错误，二审法院会进行改判，如更正罪名或依据正确的量刑标准重新量刑。
- 在行政案件中，若一审法院对行政行为合法性审查中适用法律错误，二审法院会依据正确的法律条款重新审查和判断行政行为的合法性，并作出相应改判。
撤销或变更原裁定：
- 在程序性事项裁定中，如管辖权异议裁定，若一审法院适用法律错误，二审法院会撤销原裁定并根据正确的法律规定作出新裁定。
三、实际操作与注意事项
提起上诉：
- 当事人应在收到一审判决书之日起十五日内向上一级人民法院提起上诉，并明确指出一审法院适用法律错误的具体条款及依据，提供正确的法律适用建议。
二审法院的全面审查：
- 二审法院将对案件事实和法律适用进行全面审查，确保判决的公正性和准确性。
专业支持与证据准备：
- 建议当事人委托律师起草上诉状，精准援引法律条文并论证错误点。同时，虽事实部分无误，但仍需提供完整证据链辅助法律适用说明。
执行风险防控：
- 若担心上诉期间对方转移财产，可依法申请财产保全，以确保判决的顺利执行。
四、总结
当一审法院在查明事实上清晰无误，但在法律适用上存在错误时，二审法院具有明确的纠错职责。通过规范上诉程序，二审法院将根据查明情况依法改判、撤销或变更原判，以确保法律的正确实施和案件的公正处理。这一机制既体现了我国两审终审制的监督功能，也保障了司法裁判的准确性。