公司授权项目专用章在特定情况下是受法律保护的。以下是对此问题的详细分析：
一、项目专用章的法律效力基础
项目专用章本身是企业内部使用的印章，通常不具备独立的法律效力。然而，若企业明确授权项目专用章在特定范围内代表企业行使权利、履行义务，并且相对方有理由相信该使用行为是企业真实意思表示，那么此时项目专用章签署的文件对企业具有法律约束力。这种授权可以通过企业内部文件、规章制度或者合同条款等方式进行明确。
二、项目专用章具有法律效力的情形
合同明确约定：若在项目相关合同中明确约定项目专用章可代表公司签署该类合同，那么加盖项目专用章签署的合同对公司产生拘束力。
表见代理构成：当相对方有理由相信盖章行为是公司对项目事务的确认，且这种信任是基于以往认知或公司长期通过项目专用章处理某类项目事务而形成的，那么构成表见代理，项目专用章签署的文件也有效。
内部授权明确：公司内部对项目专用章使用有明确授权范围，在授权范围内使用项目专用章，其签署文件具有法律效力。不过，超出授权范围使用项目专用章，公司若不追认，则可能不产生法律效力。
三、项目专用章超越权限的法律后果
一般情况：根据《民法典》规定，当事人超越经营范围订立的合同，除违反法律、行政法规强制性规定外，该合同有效。法人或者非法人组织对执行其工作任务的人员职权范围的限制，不得对抗善意相对人。因此，一般情况下，项目专用章超越权限签订的合同是有效的，公司需承担相应责任后可向越权行为人追偿。
相对人非善意：若相对人知道或者应当知道项目专用章超越权限仍签订合同，合同可能被认定无效。但相对人有理由相信行为人有代理权的，构成表见代理，合同依然有效。
四、法律建议
明确授权范围：企业应明确项目专用章的授权范围和使用权限，避免超出授权范围使用项目专用章。
谨慎审查：在交易中，相对方应谨慎审查项目专用章的使用权限及代表的真实性，避免因项目专用章问题遭受损失。
完善内部管理：企业应完善内部管理机制，加强对项目专用章的管理和使用监督，防止项目专用章被滥用或盗用。
在实际操作中，如果对项目专用章的使用权限或法律效力存在疑问，建议直接向我咨询，以便获得更详细和准确的法律建议。