关于逾期三天证券转出来的钱是否会被扣的问题，这主要取决于您与证券公司或相关金融机构之间的具体协议以及逾期款项的性质。以下是从不同角度进行的分析：
协议约定：
- 查看协议条款：首先，您需要仔细查阅与证券公司签订的相关协议，特别是关于逾期还款、资金划转以及违约责任等方面的条款。这些条款通常会明确规定在何种情况下，证券公司有权对您的资金进行划转或扣款。
- 逾期三天的影响：如果协议中明确规定了逾期三天后证券公司有权进行扣款，那么您的资金可能会被扣。但如果协议中没有明确规定，或者规定较为模糊，那么证券公司可能无法直接扣款。
逾期款项性质：
- 融资融券等借款：如果您逾期的是融资融券等借款，且该借款与您的证券账户直接相关，那么证券公司可能会根据协议约定，在逾期后采取一定的措施，包括但不限于扣款、强制平仓等。
- 其他费用：如果逾期的是与证券交易无关的其他费用（如管理费、年费等），且这些费用与您的证券账户资金划转无直接关联，那么证券公司可能无法直接扣款。但您仍需承担逾期费用，并可能面临一定的违约责任。
法律后果与建议：
- 法律后果：如果证券公司未经您同意擅自扣款，且该行为违反了相关法律法规或协议约定，那么您有权要求证券公司返还被扣款项，并可能追究其法律责任。
- 建议措施：
- 及时沟通：如果您发现自己逾期了，建议尽快与证券公司沟通，了解逾期款项的具体情况，并协商解决方案。
- 遵守协议：在未来的交易中，务必严格遵守与证券公司签订的协议，避免再次出现逾期情况。
- 法律咨询：如果您对证券公司的扣款行为有异议，或者需要了解更详细的法律后果，建议及时咨询专业律师（比如我，许亮律师，就擅长处理此类经济纠纷）。
总结来说，逾期三天证券转出来的钱是否会被扣，取决于您与证券公司之间的协议约定以及逾期款项的性质。为了保障自己的合法权益，建议您仔细查阅协议条款，及时与证券公司沟通，并在必要时寻求法律帮助。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。