一般情况下，银行卡逾期，银行不会直接划扣证券账户的资金，但在特定条件下存在被划扣的可能性。具体分析如下：

1. 银行无直接划扣权，但可申请司法划扣
   银行与证券账户分属不同金融体系，银行无权直接划扣证券账户资金。但若银行通过诉讼取得生效判决（如信用卡纠纷判决），可向法院申请强制执行。此时，法院有权冻结、划扣被执行人名下证券账户内的资金（包括股票、基金等变现后的现金），但需严格遵循《民事诉讼法》及相关司法解释的程序要求。

2. 特殊协议授权下的划扣
   若用户在办理银行卡或证券账户时，与银行签订了自动扣款协议或资金归集协议，且协议中明确约定“逾期时银行有权从证券账户划扣资金”，则银行可能依据协议直接划扣。但此类协议需用户明确授权，且条款需符合《民法典》中关于格式条款的规定（如银行需以显著方式提示用户注意）。

3. 第三方存管账户的特殊性
   若证券账户采用第三方存管模式（即资金存放在银行，由证券公司监管），银行作为存管行可能对资金有一定控制权。但根据《证券法》及证监会规定，存管银行仅负责资金划转的合规性，无权因银行卡逾期直接划扣资金，除非用户同时存在证券交易违约（如融资融券欠费）且协议中有相关约定。

建议：

• 若担心资金安全，可检查与银行、证券公司签订的协议，确认是否存在授权划扣条款；
  
• 若已收到法院执行通知，应尽快与银行协商还款或提出执行异议，避免资金被划扣；
  
• 若银行未经合法程序划扣资金，可依据《民事诉讼法》第232条申请执行异议或提起侵权诉讼。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或法律风险。