在退赃同意分期的情况下，银行卡是否会被冻结，取决于案件的具体情况、司法机关的判断以及退赃协议的执行情况。以下是对此问题的详细分析：
一、案件具体情况的影响
案件性质与严重程度：
- 如果案件涉及严重的经济犯罪，如诈骗、贪污等，且涉案金额巨大，司法机关可能会采取更为严格的财产保全措施，包括冻结银行卡，以确保案件的顺利侦办和赃款的追回。
- 如果案件性质相对较轻，或者涉案金额不大，司法机关可能会根据具体情况，考虑是否冻结银行卡。
退赃协议的内容与执行：
- 如果退赃协议明确规定了分期的具体金额、时间节点以及违约责任等，且退赃人能够按照协议履行退赃义务，那么司法机关可能会根据协议的执行情况，决定是否继续冻结银行卡。
- 如果退赃人未能按照协议履行退赃义务，或者存在其他违约行为，司法机关可能会采取进一步的财产保全措施，包括继续冻结银行卡。
二、司法机关的判断
风险评估：
- 司法机关在决定是否冻结银行卡时，会进行风险评估，考虑退赃人是否存在转移财产、逃避退赃等风险。
- 如果司法机关认为退赃人存在较高的风险，可能会选择冻结银行卡，以确保赃款的追回。
法律程序：
- 冻结银行卡需要遵循一定的法律程序，包括出具冻结令、通知银行等。
- 司法机关在决定冻结银行卡时，会确保法律程序的合法性和正当性。
三、退赃协议执行情况的影响
按时履行退赃义务：
- 如果退赃人能够按照退赃协议按时履行退赃义务，那么司法机关可能会根据协议的执行情况，逐步解除对银行卡的冻结。
违约情况：
- 如果退赃人未能按照协议履行退赃义务，或者存在其他违约行为，司法机关可能会继续冻结银行卡，并采取进一步的法律措施。
四、建议与注意事项
与司法机关沟通：
- 在退赃过程中，退赃人应积极与司法机关沟通，了解案件的具体情况和退赃协议的执行要求。
- 通过沟通，退赃人可以更好地了解司法机关的决策依据，从而有针对性地采取措施。
遵守退赃协议：
- 退赃人应严格遵守退赃协议的规定，按时履行退赃义务。
- 如果遇到困难或问题，应及时与司法机关沟通，寻求解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果退赃人对案件的具体情况、退赃协议的执行要求或司法机关的决策存在疑问或争议，可以寻求专业律师的法律帮助。
- 律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助退赃人维护合法权益。
如果有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。