土地出让合同纠纷在符合一定条件下是可以申请仲裁的，关键在于合同中是否有有效的仲裁条款或事后达成的仲裁协议，并且该纠纷不属于法律规定的不能仲裁的范围。以下是对这一问题的详细分析：

一、适用仲裁的法律依据与条件

1. 平等主体间的合同纠纷可仲裁：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》第二条，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。土地出让合同作为土地管理部门与土地使用者之间或土地使用者之间基于土地使用权出让行为而订立的协议，在双方属于平等主体时，其产生的纠纷属于可以仲裁的范畴。

2. 仲裁需双方自愿并达成仲裁协议：

   • 仲裁的前提是双方自愿，并达成仲裁协议。这意味着，若土地出让合同中明确约定了有效的仲裁条款，或将合同纠纷提交某仲裁机构进行仲裁的书面协议，则当事人可以依此向约定的仲裁机构申请仲裁。

3. 仲裁协议排除法院管辖：

   • 一旦土地出让合同中有有效的仲裁条款，当事人就不能再向法院起诉，而应通过仲裁途径解决纠纷，这体现了仲裁协议的排他性。

二、不能仲裁的情况

1. 行政争议不可仲裁：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》第三条，依法应当由行政机关处理的行政争议不能仲裁。如果土地出让合同纠纷被认定为行政纠纷，且不属于可以仲裁的行政协议纠纷范畴，那么此类纠纷应通过行政复议、行政诉讼等行政途径解决。

2. 特定行政协议纠纷的处理：

   • 某些特定的行政协议纠纷，如因行政机关订立的土地房屋征收征用补偿协议发生的纠纷，若相关法律法规未规定可以仲裁，则通常不能通过仲裁解决。

三、实际操作建议

1. 审查合同条款：

   • 在签订土地出让合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于纠纷解决方式的约定。如果合同中有仲裁条款，应确保该条款明确、具体，并符合《仲裁法》的规定。

2. 事后达成仲裁协议：

   • 如果合同中没有仲裁条款，但双方在纠纷发生后愿意通过仲裁解决，可以事后达成仲裁协议。该协议应明确仲裁机构、仲裁地点、仲裁规则等关键内容。

3. 咨询专业律师：

   • 在实际操作中，遇到具体的土地出让合同纠纷时，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和解决方案。律师可以根据具体情况，分析纠纷的性质、适用法律以及可能的解决途径，为当事人提供有针对性的法律建议。

总结来说，土地出让合同纠纷在符合一定条件下是可以申请仲裁的。当事人在选择仲裁作为纠纷解决方式时，应确保合同中有有效的仲裁条款或事后达成了仲裁协议，并且该纠纷不属于法律规定的不能仲裁的范围。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。