结论前置：挂靠船舶不在本公司开票的行为可能涉及违法，具体处理方式需根据实际情况判断。以下是详细分析：

1. 税务合规角度

• 违法性：根据《中华人民共和国税收征收管理法》及《中华人民共和国发票管理办法》，企业应按照实际经营业务开具发票。若挂靠船舶的运输收入属于公司业务范围，但未通过公司账户结算或未开具公司发票，可能构成“未按规定开具发票”或“隐匿收入”的违法行为，面临税务机关处罚（如罚款、补缴税款及滞纳金）。
• 处理建议：
  • 立即整改：将挂靠船舶的收入纳入公司财务体系，规范开票流程。
  • 主动申报：若已存在未开票收入，需向税务机关补报并补缴税款，争取从轻处理。

2. 挂靠协议合法性角度

• 协议效力：若挂靠协议明确约定收入归属及开票义务（如挂靠方自行开票），需审查协议是否违反法律强制性规定（如虚开发票）。若协议合法且实际履行与约定一致，可能不构成违法；但若协议规避税收监管（如通过个人账户收款、不开票），则协议可能被认定为无效。
• 处理建议：
  • 审查协议：确保挂靠协议内容合法，明确双方权利义务（如收入分配、税务承担）。
  • 规范操作：避免通过个人账户结算公司业务收入，防止被认定为“私设小金库”。

3. 行政监管角度

• 交通运输监管：若挂靠船舶未以公司名义运营（如未悬挂公司标识、未使用公司运输单据），可能违反交通运输部门对船舶挂靠的管理规定（如《国内水路运输管理条例》），面临行政处罚（如停业整顿、吊销经营资质）。
• 处理建议：
  • 完善运营手续：确保挂靠船舶以公司名义对外经营，统一使用公司票据、合同。
  • 配合检查：主动向交通运输部门报备挂靠关系，接受监管。

4. 刑事风险角度

• 虚开发票罪：若挂靠方或公司为他人虚开发票（如无真实交易开具发票），可能触犯《中华人民共和国刑法》第二百零五条，构成虚开发票罪，面临刑事处罚（如有期徒刑、罚金）。
• 处理建议：
  • 严禁虚开：确保所有发票开具均有真实交易背景，留存合同、运输单据等证据。
  • 内部审查：定期自查财务及开票流程，防范员工或挂靠方违规操作。

综合建议

1. 立即自查：梳理挂靠船舶的收入流向、开票情况及协议约定，评估违法风险。
2. 规范整改：将挂靠业务纳入公司合规体系，统一收款、开票及税务申报。
3. 咨询专业支持：如涉及复杂税务或刑事风险，可进一步提供具体细节，我将协助制定应对方案。

提示：法律问题需结合具体事实判断，以上分析仅供参考。若有进一步疑问，可直接向我咨询。