核心结论：针对店里徒弟偷偷开车出去导致车被扣的情况，需分步骤处理，包括确认扣车原因、与徒弟沟通、联系交管部门、处理违法或事故责任、协商或诉讼解决损失赔偿，并加强内部管理。以下是具体分析：

1. 确认扣车原因及法律性质

• 交管部门扣车：若因交通违法（如无证驾驶、超速、酒驾等）被扣，需明确违法类型及处罚依据。根据《道路交通安全法》，无证驾驶可处200-2000元罚款，并处15日以下拘留；若涉及事故，还需承担事故责任。
• 其他部门扣车：如因车辆手续不全（如未年检、无保险）被扣，需核实车辆证件是否齐全，并补办相关手续。

2. 与徒弟沟通，明确责任

• 确认行为性质：徒弟是否未经允许擅自开车？是否属于职务行为（如送货、接客）？若为职务行为，雇主可能需承担部分责任；若为个人行为，徒弟需承担主要责任。
• 收集证据：保留监控录像、证人证言等，证明徒弟擅自开车的事实，避免雇主被误认为指使或默许。

3. 联系交管部门，配合处理

• 接受处罚：根据扣车原因，配合交管部门完成处罚流程（如缴纳罚款、参加学习、处理事故等）。
• 取回车辆：在处罚执行完毕后，凭交管部门出具的放行单取回车辆。若车辆因事故被扣，需先完成事故责任认定和赔偿协商。

4. 处理事故责任（如有）

• 事故责任认定：若扣车因交通事故，需等待交管部门出具《事故责任认定书》，明确各方责任比例。
• 赔偿协商：根据责任比例，与对方协商赔偿事宜。若徒弟负全责，需由其或其监护人（如未成年）承担赔偿；若雇主存在管理过失（如未尽到车辆保管义务），可能需承担补充责任。

5. 内部处理与预防

• 追究徒弟责任：根据店内规定或劳动合同，对徒弟的违规行为进行处理（如扣发工资、解除劳动关系等）。
• 完善管理制度：加强车辆钥匙管理，明确用车审批流程，避免类似事件再次发生。

6. 法律风险防范

• 雇主责任：若雇主未尽到管理义务（如未对徒弟进行驾驶培训、未监督车辆使用），可能被认定为存在过错，需承担相应责任。建议定期对员工进行安全教育和法律培训。
• 保险理赔：若车辆投保了车损险或第三者责任险，可联系保险公司理赔。但需注意，无证驾驶等违法行为可能属于保险免责范围。

建议行动步骤：

1. 立即联系交管部门，了解扣车原因及处理流程；
2. 与徒弟沟通，固定其擅自开车的事实；
3. 根据事故或违法情况，配合处理并取回车辆；
4. 内部追究徒弟责任，完善管理制度；
5. 如有必要，咨询律师协助处理赔偿或责任划分问题。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细法律意见。