针对雨污工程影响公司经营，谁来赔偿的问题，这并非一个简单的是非题，而是需要依据具体情况进行详细分析。以下是从不同角度给出的法律分析和建议：
一、责任主体分析
施工单位责任：
- 如果雨污工程的施工行为直接导致了公司经营受阻，例如施工导致的道路封闭、噪音污染、环境污染等，且施工单位未采取合理措施减少影响，那么施工单位可能需承担侵权责任。
- 依据《民法典》中关于侵权责任的规定，施工单位因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
建设单位责任：
- 建设单位作为工程的发起者和组织者，如果其在工程规划、设计或施工过程中存在过错，导致对公司经营产生不利影响，也可能需承担相应责任。
- 例如，建设单位未充分考虑周边环境和企业经营需求，导致工程实施后对公司造成实质性损害。
政府部门责任：
- 在某些情况下，如果雨污工程的实施是政府行为，且政府在决策或执行过程中存在过错，导致公司经营受损，政府也可能需承担一定的赔偿责任。
- 但这通常涉及复杂的行政法律关系，需要具体分析政府行为的合法性和合理性。
二、赔偿范围与标准
- 赔偿范围：通常包括公司因雨污工程导致的直接经济损失（如停产停业损失、设备损坏等）和间接经济损失（如客户流失、商誉损害等）。
- 赔偿标准：具体赔偿数额需根据实际损失情况、双方过错程度以及相关法律法规进行确定。在某些情况下，可能需要通过专业评估机构进行损失评估。
三、法律建议与行动步骤
收集证据：
- 公司应首先收集与雨污工程相关的所有证据，包括施工通知、现场照片、视频资料、经济损失证明等。
- 这些证据将有助于后续的法律诉讼或协商谈判。
与责任方协商：
- 在掌握充分证据的基础上，公司可以尝试与施工单位、建设单位或政府部门进行协商，寻求合理的赔偿方案。
- 协商过程中，应明确表达公司的诉求和依据，并尝试达成书面协议。
法律诉讼：
- 如果协商无果，公司可以考虑通过法律途径解决争议。
- 在此过程中，建议公司聘请专业律师进行代理，以确保诉讼的顺利进行和权益的最大化保护。
关注政策动态：
- 公司还应关注相关政策动态和法律法规的变化，以便及时调整策略并应对可能的法律风险。
雨污工程影响公司经营时的赔偿责任主体并非固定不变，而是需要根据具体情况进行详细分析。公司应首先收集证据、与责任方协商，并在必要时通过法律途径解决争议。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。