针对您提出的“合作协议公章是假的怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及法律风险和合同效力的严肃问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律后果与责任认定
伪造公司印章的法律后果：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百八十条的规定，伪造公司印章的行为可能构成伪造公司印章罪，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。
- 如果使用伪造的印章签署合同，并实施如合同诈骗罪等其他的犯罪行为，通常应数罪并罚。
合同效力的认定：
- 如果伪造印章的行为与公司无关，且公司没有过错，那么公司通常不承担合同责任。
- 如果伪造印章的行为涉及公司相关人员，且公司存在管理过失或知晓而未采取措施，公司可能需要承担一定的责任。此时，合同效力需根据具体情境分析，可能涉及表见代表、表见代理或职务行为等法律概念。
二、印章真伪的鉴定与举证
印章真伪的鉴定：
- 在签署合同时，一方很难直接判断印章的真伪。除非有预留印鉴可供比对，但这种情况在一般商业活动中较为少见。
- 鉴定印章真伪通常需要专业的鉴定机构或公安机关进行。
举证责任：
- 在涉及伪造印章的争议中，主张合同关系成立并生效的一方当事人对合同订立和生效的事实承担举证责任。
- 如果争议印章被认定为与备案印章或正在使用印章不一致，且无证据证明其真实性，那么主张印章真实的一方需要继续承担举证责任。
三、维权措施与建议
事先防范：
- 公司应完善印章管理制度，防止印章被人私刻滥用。
- 在签署合同时，注意鉴别合同签署人的资质及印章真伪，可以通过建立联系的方式、沟通业务的方式和地点、签约的方式和地点等因素进行综合判断。
事后维权：
- 如果发现合作协议中的公章是假的，首先应核实盖章之人与印章主体公司之间的关系。
- 与印章主体公司进行沟通，了解真实情况，并要求其确认合同效力或采取补救措施。
- 在需要的时候，可以向公安机关进行刑事报案，追究伪造印章者的法律责任。
- 如果合同涉及重大利益，且伪造印章行为可能影响合同效力，可以考虑通过法律途径主张合同无效或要求赔偿损失。
四、总结与建议
- 伪造公司印章签署合同是一种严重的违法行为，不仅可能导致合同无效，还可能涉及刑事责任。
- 公司在日常经营管理中应完善印章管理制度，加强风险防范意识。
- 在签署合同时，应谨慎审查合同签署人的资质和印章真伪，避免不必要的法律风险。
- 如果发现合作协议中的公章是假的，应及时采取维权措施，保护自身合法权益。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。