结论前置：征地先行清理补偿没有批文，后续以补批文的方式补差价，这种做法在法律上存在较大风险，通常不合法，但需分情况讨论。

1. 从程序合法性角度分析
   根据《土地管理法》及相关法规，征地必须履行法定程序，包括发布征地公告、进行土地现状调查、组织听证、拟定补偿安置方案并公告、报有批准权的人民政府批准等。若在未取得征地批文的情况下先行清理土地并支付补偿，属于“未批先占”的违法行为。即使后续补办批文，也无法改变此前程序违法的事实，补差价的行为不能成为程序违法的“补救措施”。

2. 从实体权利保护角度分析
   若征地行为最终获得合法批文，补偿标准应按照批文生效时的法律规定执行。但若先行清理时未依法评估土地价值、未与被征地人协商补偿方案，或补偿标准明显低于法定标准，即使后续补差价，也可能因侵犯被征地人的知情权、参与权而构成违法。例如，若清理时未告知被征地人补偿依据，或补差价未覆盖土地增值部分，被征地人仍有权主张权利。

3. 从行政行为效力角度分析
   行政机关的征地行为需遵循“先批准、后实施”的原则。未批先占的行为可能被法院确认违法，并责令返还土地、恢复原状或赔偿损失。即使后续补办批文，若清理行为已造成实际损失（如地上附着物被拆除），行政机关仍需承担赔偿责任，但补差价不能替代对违法行为的法律追责。

建议：
若您遇到此类情况，需重点核查：

• 征地是否履行完整程序（如公告、听证、评估等）；
  
• 补偿标准是否符合批文生效时的法律规定；
  
• 清理行为是否造成不可逆损失（如强制拆除）。
  

如有疑问，可直接向我咨询具体案件细节，我将结合地方性法规和司法实践为您进一步分析。