扰乱单位秩序的笔录是否会有案底，需分情况讨论：
1. 若仅构成行政违法，不会留案底
根据《治安管理处罚法》第二十三条，扰乱机关、团体、企业、事业单位秩序，致使工作、生产、营业、医疗、教学、科研不能正常进行，尚未造成严重损失的，属于行政违法行为。公安机关会对此类行为进行行政处罚，如警告、罚款或行政拘留，但这些处罚记录不属于刑事犯罪案底，仅作为治安管理处罚的记录留存，不影响个人升学、就业等正常社会活动。
举例说明：
张某因对单位处理结果不满，在办公区域大声吵闹，导致工作无法正常进行，但未造成严重损失。公安机关对张某处以行政拘留5日。此记录仅表明张某曾受治安处罚，不会在个人档案中留下“犯罪前科”。
2. 若构成刑事犯罪，会留案底
根据《刑法》第二百九十条，若扰乱单位秩序的行为情节严重，致使工作、生产、营业等无法进行且造成严重损失，可能构成聚众扰乱社会秩序罪或扰乱国家机关工作秩序罪。此时，行为人会被追究刑事责任，法院判决后会留下刑事犯罪案底，该记录会存入公安部门及相关国家机关的档案，对个人升学、就业（尤其是公务员、律师等职业）可能产生长期影响。
举例说明：
李某组织多人聚集在单位门口，阻止员工进出，导致单位停工3日，造成直接经济损失50万元。经法院审理，李某被认定为聚众扰乱社会秩序罪的首要分子，判处有期徒刑3年。此判决记录会成为李某的刑事犯罪案底，伴随其终身。
3. 关键区分点：行为性质与后果
建议：
若您或他人涉及扰乱单位秩序的行为，建议尽快咨询专业律师，评估行为性质及法律后果。律师可通过分析具体情节（如是否聚众、是否造成损失等），帮助您明确风险，并制定应对策略（如争取行政处罚而非刑事立案）。
总结：扰乱单位秩序的笔录是否留案底，取决于行为是否构成刑事犯罪。行政违法无案底，刑事犯罪会留案底。如有具体案件，可进一步向我咨询细节。