司法所写的集体土地协议是否有效，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一. 协议有效的条件
符合法律法规：根据《中华人民共和国土地管理法》第六十三条的规定，集体经营性建设用地可以通过出让、出租等方式交由单位或者个人使用，但须经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。因此，如果司法所写的集体土地协议符合这一法律规定，且经过了相应的审批程序，那么该协议可能是有效的。
程序合法：集体土地的转让或使用必须遵循法定的程序。如果司法所在撰写集体土地协议时，严格遵循了相关法律法规的程序要求，如召开了村民会议并获得了法定比例的同意，向乡（镇）人民政府进行了报批等，那么该协议在程序上是合法的，从而增加了其有效性的可能性。
二. 协议可能无效的情形
违反法律法规：如果司法所写的集体土地协议违反了土地管理法等相关法律法规的强制性规定，如未经民主程序擅自转让集体土地，或者将集体土地用于非农业建设而未办理合法手续等，那么该协议很可能是无效的。
损害集体利益：集体土地属于农村集体所有，其使用或转让必须维护集体利益。如果司法所写的集体土地协议损害了集体利益，如未经集体同意擅自将集体土地低价转让给外部单位或个人，那么该协议也可能被认定为无效。
三. 综合分析
司法所写的集体土地协议是否有效，需要综合考虑多个因素，包括协议内容是否符合法律法规、程序是否合法、是否损害集体利益等。如果协议在内容和程序上都符合法律规定，且没有损害集体利益，那么该协议很可能是有效的。反之，如果协议存在违法违规或损害集体利益的情况，那么该协议则可能被认定为无效。
我的建议：在处理涉及集体土地的协议时，务必谨慎对待，确保协议内容合法合规，程序正当合法。如有必要，可咨询专业律师或相关机构进行审查和指导。如有进一步需要，您可以继续咨询我。