原公司已注销，一般情况下不能以其名义起诉员工，但存在特殊情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况：公司注销后无法起诉员工
公司注销意味着其法人资格的消失，民事权利和行为能力也随之终止。因此，在一般情况下，已注销的公司无法以其名义起诉员工。这是因为诉讼主体资格是提起诉讼的前提，而公司注销后，这一资格已不复存在。
二、特殊情况：股东等清算义务人可主张权利
尽管公司注销后一般无法起诉员工，但存在特殊情况。若公司注销前未依法清算，且股东等清算义务人存在过错，如未履行清算义务、恶意处置公司财产等，导致公司无法清算或债权人受损，那么在权益与股东直接相关时，股东等清算义务人可以自己名义向员工主张权利。
具体情形包括：
员工在职期间造成公司重大损失：若员工在职期间因故意或重大过失给公司造成重大损失，且公司注销前未依法清算，股东等清算义务人可依据相关法律规定，以自己名义向员工主张赔偿责任。
股东存在未依法清算等过错：若股东在公司注销过程中存在未依法清算等过错，导致公司无法清算或债权人受损，债权人可在公司注销后一定期限内（如两年内）请求股东承担相应的民事责任。这种情况下，若员工行为与股东过错存在关联，股东等清算义务人也可能向员工主张权利。
三、法律建议与措施
收集证据：若股东等清算义务人打算向员工主张权利，应积极收集员工存在相关过错行为的证据，如书面文件、聊天记录、视听资料等。这些证据将有助于证明员工的行为性质及责任承担主体。
判断员工行为性质：在决定是否向员工主张权利前，应判断员工行为是个人行为还是职务行为。若为个人行为且需担责，即便公司注销，股东等清算义务人也可直接起诉员工。若为职务行为，则需进一步判断股东等清算义务人是否存在过错，并考虑是否一并起诉员工。
遵循法律程序：在起诉过程中，应严格按照法律程序进行，确保自身权益得到合法维护。这包括确定管辖法院、准备相关证据、明确诉讼请求、起草起诉状等步骤。
举例说明：假设某公司注销前，员工小李因故意或重大过失给公司造成重大损失。公司注销后，股东小张认为小李的行为导致公司利益受损，想要追究小李的责任。在这种情况下，若小张能证明公司注销前未依法清算且自己存在过错（如未履行清算义务），同时收集到小李存在过错的证据，那么小张可以以自己名义向小李主张赔偿责任。
综上所述，原公司已注销后能否起诉员工取决于多种因素。若您面临类似问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供针对性的法律建议。