股份合作制改制的经济补偿在符合法律规定和改制方案约定的情况下，是有合法依据的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据角度
《公司法》及相关司法解释：虽然《公司法》主要规范的是有限责任公司和股份有限公司，但股份合作制企业在改制过程中，若涉及股权转让、股东权益调整等，仍需遵循《公司法》中关于股权变动、股东权利保护等基本原则。若改制方案中明确规定了经济补偿的条款，且该条款不违反法律强制性规定，那么该经济补偿就是有法律依据的。
地方性法规及政策：不同地区可能针对股份合作制企业改制出台了具体的地方性法规或政策，其中可能包含对经济补偿的明确规定。例如，某些地区可能规定，在改制过程中，为了保障员工的合法权益，企业应当给予一定的经济补偿。这种情况下，经济补偿的合法性就来源于地方性法规或政策。
二、改制方案约定角度
改制方案的法律效力：股份合作制企业改制时，通常会制定详细的改制方案，该方案需经企业职工代表大会或全体职工讨论通过，并报相关部门批准。改制方案中若明确规定了经济补偿的条款，那么该条款就具有法律效力，企业应当按照方案执行。
经济补偿的合理性：改制方案中的经济补偿条款应当合理，既要考虑企业的承受能力，也要保障员工的合法权益。若经济补偿标准过低，可能引发员工不满；若过高，则可能给企业带来过大的经济负担。因此，在制定改制方案时，应充分考虑各方面因素，确保经济补偿的合理性。
三、实际操作角度
经济补偿的支付方式：经济补偿可以以现金、股权或其他形式支付。具体支付方式应在改制方案中明确，并确保符合相关法律法规的规定。例如，若以股权形式支付经济补偿，应确保股权的转让合法有效，且不影响企业的正常运营。
经济补偿的税务处理：经济补偿可能涉及个人所得税等税务问题。在支付经济补偿时，企业应按照相关税法规定进行税务处理，确保合规性。例如，根据个人所得税法规定，员工因企业改制而获得的经济补偿，在一定限额内可以免征个人所得税。
法律建议
审查改制方案：在参与股份合作制企业改制时，员工应仔细审查改制方案，特别是关于经济补偿的条款，确保自己的合法权益得到保障。
咨询专业律师：若对改制方案或经济补偿条款有疑问，建议咨询专业律师，以获取更准确的法律意见。
保留相关证据：在改制过程中，员工应保留好与经济补偿相关的证据，如改制方案、经济补偿协议等，以备不时之需。
若您在股份合作制改制过程中遇到任何法律问题，或有关于经济补偿的具体疑问，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。