劳动合同中的保密协议主要保密的内容包括但不限于以下几个方面：
技术秘密与商业秘密：
- 技术秘密：如产品设计、作业蓝图、工程设计图、计算机程序、技术配方、工艺流程等。这些通常是企业的核心竞争力所在，一旦泄露，可能对企业造成重大损失。
- 商业秘密：包括客户名单、行销计划、采购资料、定价政策、财务资料、进货渠道、法律事务信息、人力资源信息等。这些信息对于企业的市场运营和战略决策至关重要。
工作过程中知悉的敏感信息：
- 员工在任职期间，因工作需要可能接触到公司的各种敏感信息，如会议内容、公司决议、交易相对人资料等。这些信息在未经授权的情况下不得泄露给第三方。
保密信息的载体：
- 保密协议还可能涉及员工因职务需要所持有或保管的一切记录着公司秘密信息的文件、资料、图表、笔记、报告、信件、传真、磁盘、磁带、仪器以及其他任何形式的载体。这些载体在员工离职或调岗时，通常需要按照公司的规定进行交接或销毁。
在签订保密协议时，还需要注意以下几点：
明确保密主体：
- 保密协议应明确哪些员工需要承担保密义务。通常，涉密岗位和技术岗位的员工是保密协议的重点对象。但同时，对于那些不必然承担保密义务的劳动者，如果他们在工作中有意或无意获悉了公司秘密，也应列入保密主体的范围。
约定保密期限：
- 保密协议中应明确约定保密期限。虽然法律规定劳动者保守秘密的义务不因劳动合同的解除、终止而免除，但明确保密期限可以避免不必要的纠纷。保密期限可以超过劳动关系存续期限，并延续到劳动者离职后一定时间。
明确双方的权利与义务：
- 保密协议中应明确约定如何使用商业秘密、涉及商业秘密的职务成果的归属、涉密文件的保存与销毁方式等内容。同时，根据《劳动合同法》的规定，保密协议中不得直接设定违约金，但可以约定违反保密义务的赔偿内容以及计算赔偿数额的方式。
考虑竞业限制条款：
- 虽然竞业限制条款不是保密协议的必备内容，但它是商业秘密有力的保护伞。如果约定竞业限制条款，必须明确约定竞业限制的期限和义务、经济补偿标准、经济补偿的支付时间以及条款解除的条件。
确定纠纷管辖机构：
- 保密协议中可以约定争议解决机构，但争议解决机构必须确定、唯一。不能既约定选择仲裁机构又约定选择法院，也不能既约定选择A地又约定选择B地的仲裁机构或法院，否则该条款可能无效。
若您在签订或履行保密协议过程中遇到任何法律问题，或有关于劳动合同、劳动工伤等方面的疑问，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。