员工手册中规定旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
法律法规层面
《劳动法》与《劳动合同法》的规定：
- 根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《劳动合同法》第三十条也明确，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 这两部法律均未赋予用人单位对员工进行罚款的权利，因此，旷工一天扣三天工资的做法缺乏直接的法律依据。
《工资支付暂行规定》的解读：
- 《工资支付暂行规定》第十六条指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 旷工一天并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，因此，直接扣除三天工资的做法显然超出了法律规定的赔偿范围。
法理与公平原则层面
- 从公平合理原则出发，旷工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资作为对缺勤行为的回应。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，这种过度惩罚不仅损害了劳动者的合法权益，也破坏了劳动关系的和谐稳定。
规章制度的有效性层面
- 尽管某些用人单位的规章制度中可能规定了“旷工一天扣三天工资”的条款，但这并不意味着该条款必然合法有效。规章制度的制定需通过民主程序，内容不得违反法律法规，且必须向劳动者公示或告知。
- 即使规章制度满足了上述条件，司法实践中也可能因过度惩罚而被视为不合理，从而不被法院或仲裁机构采纳。
劳动者的应对措施
- 面对不合理的克扣工资行为，劳动者首先应与用人单位协商解决，表达自己的诉求和理由。
- 协商不成时，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
建议：
- 用人单位在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工，以维护劳动关系的和谐稳定。
- 劳动者在遇到类似纠纷时，应咨询专业的法律人士（比如我），了解自己的权益并采取适当的法律措施来维权。
- 无论是用人单位还是劳动者，都应增强法律意识，遵守相关法律法规，共同营造一个公平、合理的劳动环境。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。