核心结论：企业政策性搬迁未及时将搬迁收入入账且未备案的，需从税务合规调整、与税务机关沟通补备案、完善内部管理三方面补救，以降低法律风险。以下是具体分析：

一、税务合规调整：及时入账并申报纳税

1. 搬迁收入入账
   企业应立即将政策性搬迁收入（如搬迁补偿款、资产处置收入等）纳入财务账簿，确保收入确认符合《企业会计准则》及税法规定。若已发生支出（如搬迁费用、资产处置损失），需同步核算，避免收入与支出不匹配导致税务异常。

2. 补缴税款及申报
   根据《企业政策性搬迁所得税管理办法》（国家税务总局公告2012年第40号），企业应在搬迁完成年度（或搬迁开始满5年）将搬迁收入扣除重置固定资产、技术改造等支出后的余额，计入当期应纳税所得额。若未及时申报，需：

   • 补缴企业所得税及滞纳金（按日加收万分之五）；
   • 填写《企业政策性搬迁清算损益表》，向主管税务机关补报搬迁收入及支出情况。

二、与税务机关沟通：补备案及说明情况

1. 补办备案手续
   政策性搬迁需在搬迁开始前向税务机关备案（部分地区要求搬迁协议签订后30日内）。若未备案，企业应：

   • 提交书面说明，解释未及时备案的原因（如内部流程延误、信息传递失误等）；
   • 补充备案材料（如搬迁协议、政府批文、搬迁规划等），证明搬迁符合政策性条件。

2. 争取税务机关理解
   若企业因客观原因（如政策理解偏差、人员变动）导致未备案，可强调搬迁的合规性（如符合政府规划、未用于非搬迁目的），并承诺后续严格遵守税务规定，降低被处罚风险。

三、完善内部管理：避免后续风险

1. 建立搬迁专项台账
   记录搬迁收入、支出、资产处置等明细，确保数据可追溯，便于税务检查。

2. 定期自查与培训
   定期核对财务数据与税务申报一致性，组织财务人员学习政策性搬迁税收政策，避免因疏忽导致合规问题。

风险提示：若企业未及时补救，可能面临税务机关调整应纳税所得额、加收滞纳金及罚款（最高为未缴税款的5倍），甚至影响企业信用评级。建议企业尽快行动，降低法律风险。

如有进一步疑问（如具体补报流程、材料清单），可直接向我咨询，我将结合您所在地区的政策细节提供针对性建议。