交通运输部门在特定条件和程序下，确实有权拦截车辆。以下是对此问题的详细阐述：
一、有权拦截的情况
例行检查：
- 交通运输部门（包括交警、路政等）在开展交通安全检查行动时，有权在合理的地点（如交通检查站、特定路段）对过往车辆进行拦截检查。这是为了维护道路交通安全秩序，确保车辆符合上路条件。
- 检查内容通常包括车辆的相关证件（行驶证、驾驶证）是否齐全有效，以及车辆是否存在安全隐患等。
违法嫌疑：
- 如果执法人员发现车辆存在交通违法行为嫌疑，如酒驾、超速、超载、涉牌涉证违法等，有权拦截车辆进行进一步调查核实。
- 例如，通过测速设备确认车辆超速后，执法人员可以合理拦截并依法处理。
协助调查：
- 在涉及刑事案件、治安案件或其他紧急情况需要排查车辆信息时，交通运输部门应根据相关部门的要求和协作机制，对车辆进行拦截检查，以协助其他执法部门的工作。
特定部门权限：
- 交警作为交通执法的主要力量，有权在道路上拦截车辆进行检查。
- 路政部门也有权拦截超限车辆，其执法范围包括许可超限运输申请事项及查处违法超限运输行为。
二、拦截的程序要求
身份表明与制服着装：
- 执法人员在拦截车辆时，必须身着制服并出示执法证件，以表明身份。这是为了确保执法行为的合法性和透明性。
安全地点选择：
- 拦截车辆的地点应选择在安全、不妨碍正常交通秩序的地方，避免引发新的安全事故或交通拥堵。
- 在高速公路上，除依法执行紧急公务的公安部门外，其他单位或个人不得随意拦截检查行驶的车辆。
文明执法与权益保障：
- 在检查过程中，执法人员应文明执法，依法保障当事人的合法权益。
- 查处违法行为时，应设置分流或避让标志，确保道路通行和安全。
三、违规拦截的法律责任
- 如果执法人员无正当理由随意拦截正常行驶车辆，或在拦截过程中违反法定程序，当事人有权通过合法途径维护自身权益。
- 包括向其上级主管部门投诉、申请行政复议或提起行政诉讼。
- 违规拦截的执法人员也将依法受到相应的处分。
四、实际案例与法律解释
- 在实际执法中，交警部门经常会在交通要道设置检查点，对过往车辆进行例行检查。这是合法的执法行为，旨在维护道路交通安全。
- 如果执法人员未出示执法证件或未在安全地点拦截车辆，当事人可以拒绝接受检查，并向相关部门投诉。
总结与建议：
交通运输部门在符合法定情形和程序要求下，有权拦截正常行驶的车辆。但这一权力必须在严格遵守相关法律法规和程序规定的前提下行使。如果您遇到不当拦截或执法行为，有权通过合法途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。