在农村自建房楼顶养鸡是否合法，需结合具体情况判断，主要涉及土地用途、规划许可、环保及相邻权等法律问题。以下从不同角度为您详细分析：

1. 土地用途与规划许可

• 核心前提：农村自建房通常位于宅基地上，宅基地用途为居住，未经批准不得擅自改变用途。
• 法律分析：
  • 若楼顶养鸡未改变房屋主体结构，且未对周边环境造成显著影响（如噪音、异味），一般不涉及土地用途变更。
  • 但若养鸡规模较大（如超过家庭自用范围），可能被认定为“经营性养殖”，需符合当地规划要求。例如，部分地区规定宅基地上不得从事规模化养殖，需另行申请设施农用地或办理养殖场手续。
  • 建议：先咨询当地自然资源部门或乡镇政府，确认宅基地是否允许养鸡及规模限制。

2. 环保与卫生要求

• 核心前提：养鸡可能产生粪便、异味、噪音，影响周边环境及邻居生活。
• 法律分析：
  • 根据《环境保护法》及地方性法规，养殖活动需采取污染防治措施（如粪便无害化处理）。若未处理导致环境污染，可能被责令整改或处罚。
  • 例如，某地规定养殖场需距离居民区50米以上，且配备粪污处理设施。若楼顶养鸡不符合此类要求，可能面临投诉或行政处罚。
  • 建议：控制养鸡数量，定期清理粪便，采取隔音、除臭措施，避免影响他人。

3. 相邻权纠纷

• 核心前提：楼顶属于共有部分（如无明确约定归某户所有），或养鸡行为影响邻居正常生活。
• 法律分析：
  • 若楼顶为全体业主共有（如商品房），个人无权擅自占用养鸡，可能构成侵权。
  • 即使楼顶归您所有，若养鸡导致邻居无法开窗、休息等，可能违反《民法典》中关于相邻权的规定，需承担停止侵害、赔偿损失等责任。
  • 建议：与邻居协商，取得同意；或调整养鸡方式（如减少数量、缩短时间），避免纠纷。

4. 地方性规定

• 核心前提：部分地区对农村养鸡有具体限制。
• 法律分析：
  • 例如，某省《农村宅基地管理办法》规定，宅基地上不得从事污染环境、影响邻里关系的活动，否则可能被责令整改。
  • 建议：查询当地政府发布的规范性文件，或直接咨询村委会、乡镇政府，确认是否有特殊要求。

总结建议

1. 合法性判断：若养鸡规模小、无污染、邻居无异议，通常合法；但若规模大、污染严重或违反地方规定，可能违法。
2. 操作建议：
   • 提前了解当地政策，办理必要手续（如养殖备案）。
   • 控制养鸡数量，保持环境卫生。
   • 与邻居友好沟通，避免矛盾升级。

如有进一步疑问（如具体地区政策、纠纷处理），可直接向我咨询，我将结合您所在地的法规提供详细解答。