核心结论：若两兄弟在对方不知情的情况下，林权证仅登记了一人姓名，可通过协商、行政程序变更或司法途径解决，具体需结合实际情况选择合适方式。以下是详细分析：

1. 协商补办或变更登记

• 法律依据：根据《森林法》及《不动产登记暂行条例》，林权登记需以真实权利关系为基础。若两兄弟共同享有林地权益，但仅一人登记，可通过协商签订书面协议，明确各自份额，并共同向林业主管部门申请变更登记。
• 操作建议：
  • 收集共同出资、管理或继承等证明材料（如转账记录、证人证言、家族协议等）；
  • 双方签署《林权共有协议》，明确权利比例；
  • 携带协议、原林权证、身份证等材料，向当地不动产登记中心申请变更。

2. 通过行政程序撤销或更正登记

• 适用情形：若登记错误系因一方隐瞒、欺诈导致（如伪造共有协议），另一方可向林业主管部门申请撤销或更正登记。
• 法律依据：
  • 《不动产登记暂行条例实施细则》第81条：利害关系人可申请更正登记；
  • 《行政诉讼法》第12条：对行政行为不服可提起行政诉讼。
• 操作建议：
  • 提交书面申请，附证据证明登记错误（如另一方不知情的证明、历史权属文件）；
  • 若行政机关拒绝更正，可在6个月内提起行政诉讼，要求撤销错误登记。

3. 司法途径确认权属

• 适用情形：若协商或行政程序无法解决，可通过民事诉讼确认共有权。
• 法律依据：
  • 《民法典》第308条：共有人对共有物没有约定为按份共有或共同共有，视为按份共有；
  • 《民事诉讼法》第122条：起诉需有明确被告、诉讼请求和事实理由。
• 操作建议：
  • 起诉至林地所在地法院，请求确认共有权并分割份额；
  • 提交证据：如家族分地记录、共同管理证据、证人证言等；
  • 法院判决后，凭生效文书申请变更登记。

4. 风险提示

• 时效问题：若涉及继承或赠与，需注意诉讼时效（一般为3年，自知道权利受损之日起算）；
• 证据收集：林权纠纷核心是证明“实际共有关系”，建议提前固定证据（如录音、录像、书面协议）；
• 行政与司法衔接：若对行政机关处理结果不服，需在法定期限内（通常6个月）提起诉讼，逾期可能丧失权利。

总结建议：优先通过协商或行政程序解决，成本低、效率高；若争议较大，及时委托律师介入，通过司法途径明确权属。具体操作需结合林地来源（继承、赠与、购买等）、当地政策及证据情况，建议进一步提供细节后制定方案。