针对您提出的“员工拿到毕业证后，实习协议是否还有效”的问题，我们可以从法律实践和劳动关系认定的角度进行详细分析。

首先，需要明确的是，实习协议与劳动合同在法律性质和目的上存在显著差异。实习协议通常适用于在校学生或未毕业的学生，以学习、实践为目的，在用人单位进行短期或长期的实习活动。而劳动合同则是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。

当员工拿到毕业证后，其身份从在校学生转变为社会劳动者，此时若继续在原实习单位工作，且工作性质、内容、管理方式等均未发生实质性变化，同时用人单位也接受了该员工以劳动者身份继续工作，并支付了相应的劳动报酬，那么从法律实践的角度来看，双方之间的关系很可能已经从实习关系转变为劳动关系。

以您提供的案例为例，小孙在毕业前与某科技公司签订了《毕业生就业协议书》，并在毕业后继续在公司工作，期间受伤并要求确认劳动关系。法院在审理此案时，并未因小孙在受伤时未拿到毕业证而否认其与公司的劳动关系。相反，法院综合考虑了小孙的工作内容、管理方式、薪资发放等实际情况，认定小孙与公司之间存在劳动关系。

因此，对于您的问题，我们可以得出以下结论：员工拿到毕业证后，若继续在原实习单位以劳动者身份工作，且双方之间的关系符合劳动关系的特征，那么原实习协议在法律上可能已不再适用，双方应签订或视为已存在劳动合同关系。此时，若原实习协议中有与劳动关系相冲突或不符的条款，这些条款可能不再具有法律效力。

最后，建议员工在拿到毕业证后，与用人单位及时沟通并明确双方的关系性质，必要时签订或更新劳动合同，以保障自身的合法权益。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，妥善处理与毕业生的劳动关系问题。