要求供应商提供三年的财务审计报告是否合法，需结合具体场景来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

政府采购场景

在政府采购项目中，要求供应商提供近三年的财务审计报告，通常被视为对中小企业的一种歧视。这是因为，这样的要求意味着企业起码需要成立三年以上，这实际上是将经营年限作为了资格要求的一部分。对于新成立的企业和中小企业来说，这种要求构成了不公平的竞争环境，因为它们可能由于成立时间较短而无法满足这一条件。政府采购政策旨在促进公平竞争，并扶持中小企业发展，因此，此类要求通常与政府采购政策的精神相悖。

商业合作场景

1. 合同自由原则：在一般的商业合作中，合同双方享有较大的自由度来约定合同条款。如果双方在合同中明确约定了要求供应商提供三年的财务审计报告，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、社会公共利益或第三人的合法权益，那么这一要求在法律上是可行的。

2. 合理性审查：然而，即使合同双方有权约定此类条款，也需要对条款的合理性进行审查。如果要求提供三年的财务审计报告对于评估供应商的财务状况和履约能力并非必要，或者这一要求给供应商带来了不合理的负担，那么这一条款可能会被视为不公平或不合理，从而在法律上受到挑战。

3. 法律法规限制：此外，还需要考虑相关法律法规对合同条款的限制。例如，如果某些法律法规明确规定了不得将经营年限作为合同订立的资格条件，或者对供应商的财务状况提出了特定的要求，那么合同中的相关条款就需要符合这些法律法规的规定。

建议与注意事项

• 明确合同目的：在要求供应商提供财务审计报告时，应明确这一要求的目的和必要性，确保其与合同目的直接相关。

• 考虑供应商情况：应充分考虑供应商的实际情况，包括其成立时间、财务状况等，避免提出不合理的要求。

• 遵守法律法规：在约定合同条款时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保合同条款的合法性和有效性。

• 协商与调整：如果供应商对提供财务审计报告的要求提出异议，双方应通过协商进行调整，以达成公平、合理的合同条款。

如有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更为详细和专业的法律意见。