三方协议在特定情况下可以盖人力资源公司的章，但具体需根据单位规定和实际情况来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、三方协议盖章的常规要求
三方协议是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。通常情况下，为了确认其法律效力，三方协议应由用人单位加盖公章或合同专用章。这是因为公章和合同专用章在法律上具有较高的认可度，能够直接代表用人单位的真实意思表示。
二、人力资源公司章的效力
人力资源公司作为用人单位内部或外部负责人力资源管理和员工事务的机构，其印章在某些情况下也具有一定的法律效力。如果用人单位（或人力资源公司作为用人单位的代表）授权人力资源公司负责处理与毕业生的签约事宜，并允许其使用公司章或部门章来签署三方协议，那么该章同样具有约束力。
三、盖人力资源公司章的具体情形
单位规模与分工：对于一些大型企业或机构而言，由于业务复杂、部门众多，可能会设立专门的人力资源公司或部门来处理员工的招聘、入职等手续。在这种情况下，人力资源公司的章可能被用于签署三方协议。
单位规定与流程：用人单位（或人力资源公司）可能有自己的内部规定和流程，关于如何签署三方协议以及使用何种印章。因此，在签署前，最好先了解清楚用人单位（或人力资源公司）的具体要求和流程。如果单位明确规定可以使用人力资源公司的章来签署三方协议，那么这样做就是合法的。
特殊情况下的替代方案：如果用人单位的公章或合同专用章因故无法使用（如被其他重要文件占用、正在办理变更手续等），且单位明确授权人力资源公司在此期间使用公司章或部门章代替，则人力资源公司的章可作为临时替代方案。
四、注意事项与建议
核实印章效力：在签署三方协议前，务必核实人力资源公司章的效力。可以通过向用人单位（或人力资源公司）的人力资源部门咨询、查看单位的相关规定或流程等方式进行确认。如果单位没有明确规定可以使用人力资源公司的章，或者对印章的效力存在疑问，那么最好使用公章或合同专用章来签署协议。
保留证据：如果选择盖人力资源公司的章，建议保留好相关证据，如用人单位的授权文件、部门负责人的签字确认等，以备不时之需。这些证据可以在发生争议时证明协议的合法性和有效性。
咨询法律意见：如果对三方协议的盖章问题存在疑问或担忧，建议咨询专业的法律意见。作为专业律师，我可以为您提供详细的法律解释和建议，帮助您更好地理解和处理相关问题。
总结来看，三方协议在特定情况下可以盖人力资源公司的章，但具体需根据单位规定和实际情况来确定。在签署前，务必核实印章的效力并保留好相关证据。如果有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询。