乡镇领导长期存放村委公章是不合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国村民委员会组织法》的规定，乡、民族乡、镇的人民政府对村民委员会的工作给予指导、支持和帮助，但是不得干预依法属于村民自治范围内的事项。村民委员会的公章管理属于村民自治范围内的事项，因此，乡镇政府无权长期存放或管理村委公章。

二、公章管理原则

公章是村级公共权力的象征，在办理村公共事务和公益事业方面具有重要作用。公章的管理应当遵循村民自治原则，确保公章的使用能够反映村民的意愿和利益。乡镇政府长期存放村委公章，实际上是对村民自治权利的干预，违背了公章管理的原则。

三、实际影响

1. 村民办事不便：乡镇领导长期存放村委公章，导致村民在需要盖章时面临诸多困难。例如，村民可能需要等待乡镇干部在场才能盖章，或者需要辗转到乡镇政府所在地盖章，这无疑增加了村民的办事成本和时间成本。
2. 村级治理缺乏活力：公章是村级治理的重要工具，如果公章被乡镇政府长期存放，那么村委会在办理村公共事务和公益事业方面将受到很大限制。这可能导致村级治理缺乏活力和后劲，影响村庄的整体发展。
3. 滋生腐败风险：虽然乡镇政府长期存放村委公章的初衷可能是为了加强监督，防止村章腐败，但这种做法也可能滋生新的腐败风险。例如，乡镇干部可能利用管理公章的便利，为亲友或特定利益集团谋取私利。

四、合法管理方式

1. 村委会自行管理：在正常情况下，村委会应当自行管理公章，确保公章的使用符合村民的意愿和利益。村委会可以制定公章管理制度，明确公章的使用范围和审批程序。
2. 特殊情况下的代管：根据民政部、公安部发布的《关于规范村民委员会印章制发使用和管理工作的意见》规定，村民委员会成员在届内被集体罢免的，印章由乡级人民政府暂时代管。但这种情况是特例，且代管时间应当有限制。

五、建议与措施

1. 乡镇政府应尽快归还公章：对于已经长期存放村委公章的乡镇政府，应当尽快组织整改，将公章归还给村委会。
2. 加强村章管理培训：乡镇政府可以深入农村做好调研，了解农民的利益诉求，根据实际情况为村委会提供公章管理培训和支持。
3. 探索数字化管理：可以考虑引入数字化技术赋能公章管理，例如推出村（居）印章数智化管理机制，将群众用章申请、网上审批、智能盖章等流程在线上串联起来，提高管理效率并约束小微权力。

结论：乡镇领导长期存放村委公章是不合法的，违背了村民自治原则和公章管理原则。乡镇政府应当尽快归还公章，并加强村章管理培训和支持，探索数字化管理方式，以提高管理效率并保障村民的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。