结论：非法行医证据现行登记保存时，并非一定要全部没收药品器械，而是根据具体情况和法律规定来决定是否没收以及没收的种类和数量。
分析：
在非法行医的案件中，卫生健康行政部门或相关执法机构在调查过程中，有权对涉嫌非法行医的药品、器械等进行证据先行登记保存。这是为了确保案件调查的顺利进行，防止证据灭失或被隐匿。然而，是否没收以及没收的种类和数量，并非一概而论，而是需要根据具体情况和法律规定来决定。
根据违法情节的严重性：
- 如果非法行医的行为情节轻微，且未造成严重后果，执法机构可能会选择仅对部分关键药品或器械进行没收，或者采取其他行政处罚措施，如罚款、警告等。
- 如果非法行医的行为情节严重，如造成患者伤害、死亡或严重社会影响，执法机构则可能会对所有涉嫌非法行医的药品、器械等进行全面没收，并依法追究相关责任人的刑事责任。
根据证据的关联性和必要性：
- 在证据先行登记保存时，执法机构会评估所保存的药品、器械等是否与非法行医行为直接相关，以及是否对案件调查具有必要性。
- 如果某些药品或器械与非法行医行为无直接关联，或者对案件调查无实质性帮助，执法机构可能会选择不将其纳入没收范围。
根据法律规定：
- 执法机构在没收药品、器械等时，必须严格遵守相关法律法规的规定，如《医疗机构管理条例》、《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》等。
- 这些法律法规对非法行医行为的处罚措施、没收范围等都有明确规定，执法机构必须依法行事。
法律建议：
- 如果您或他人涉嫌非法行医，并面临药品、器械等被没收的情况，建议及时咨询专业律师，了解相关法律法规和自身权益。
- 在执法机构进行调查时，应积极配合，如实提供相关信息和证据，以便执法机构准确判断案件性质和处罚措施。
- 如果对执法机构的处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。
可能后果：
- 如果非法行医行为被查实，且情节严重，可能会面临罚款、没收违法所得、没收药品器械、吊销执业证书等行政处罚，甚至可能承担刑事责任。
- 如果对执法机构的处罚决定不履行或逃避处罚，可能会面临更严重的法律后果，如强制执行、列入失信名单等。