诊所未经批准使用抗菌药物，医师确实可能会面临处罚，具体处罚情况需依据医师的违规行为和造成的后果来判定。以下从不同角度进行分析：

一、医师未取得相应级别抗菌药物处方权的情况

根据《抗菌药物临床应用管理办法》的相关规定，医师开具抗菌药物处方需要获得相应的处方权。例如，具有中级以上专业技术职务任职资格的医师，才可授予限制使用级抗菌药物处方权。如果医师未取得相应级别的抗菌药物处方权，却为患者开具了限制使用级抗菌药物，那么该医师就违反了规定。

处罚措施：

• 县级以上卫生行政部门会责令限期改正，并给予警告。
• 根据情节轻重，还可能处以三万元以下的罚款。
• 对负有责任的主管人员和其他直接责任人员，可根据情节给予处分。

二、医师使用未经批准抗菌药物或造成严重后果的情况

如果医师在执业过程中，未按照《抗菌药物临床应用管理办法》的规定开具抗菌药物处方，比如使用了未经国家药品监督管理部门批准的抗菌药物，或者使用了本机构抗菌药物供应目录以外的品种、品规，并且造成了严重后果，那么该医师将面临更严厉的处罚。

处罚措施：

• 由县级以上卫生行政部门按照《执业医师法》第三十七条的有关规定，给予警告或者责令暂停六个月以上一年以下执业活动。
• 情节严重的，吊销其执业证书。
• 构成犯罪的，依法追究刑事责任。

三、实际案例中的处罚情况

在实际案例中，如果诊所未经核准擅自使用抗菌药物开展静脉输注活动，并且使用未取得限制使用级抗菌药物处方权的医师开具限制使用级抗菌药物处方，那么该诊所和医师都将受到处罚。例如，某诊所就因此被给予了警告，并处以人民币伍仟元的罚款，同时责令立即改正违法行为。而涉事医师也可能根据具体情况受到相应的处罚。

四、建议与提醒

• 医师应严格遵守规定：医师在开具抗菌药物处方时，必须确保自己具有相应的处方权，并且严格按照规定使用抗菌药物。
• 诊所应加强管理：诊所应建立健全抗菌药物临床应用管理制度，确保医师在执业过程中遵守相关规定。
• 患者应增强意识：患者在接受抗菌药物治疗时，也应了解相关药物的使用规定和可能的风险，积极配合医师的治疗方案。

总结来说，诊所未经批准使用抗菌药物时，医师确实可能会面临处罚。处罚的种类和幅度取决于医师的违规行为和造成的后果。因此，医师和诊所都应严格遵守相关规定，确保抗菌药物的合理使用。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。