认定非法挂靠公司，主要需从以下几个方面进行综合判断：

1. 主体资格方面：

   • 资质审查：若一方（挂靠方）不具备从事特定业务所需的法定资质，而借助另一方（被挂靠方）的资质开展业务，即构成挂靠。例如，在建筑工程领域，施工队伍若无相应等级资质，却以有资质的建筑企业名义承接工程，就是典型的挂靠行为。
   • 实际控制与名义一致性：若实际控制和操作业务的是挂靠方，但对外以被挂靠方名义进行活动，如合同签订、项目实施等，这也构成挂靠的认定依据。

2. 合同签订与履行方面：

   • 合同签订异常：挂靠方若实际主导合同的谈判、起草及签订过程，但以被挂靠方名义签署，即表明存在挂靠行为。
   • 合同履行主体：若挂靠方实际负责履行合同的主要义务，如提供劳务、完成工程项目等，而被挂靠方仅提供名义支持或配合，这也倾向于认定为挂靠。

3. 财务关系方面：

   • 资金流向：挂靠关系中，挂靠方通常向被挂靠方支付管理费用，项目收益主要归挂靠方所有。若资金流向显示工程款在扣除“管理费”后流向挂靠方，可作为认定挂靠的重要证据。
   • 财务核算独立性：挂靠方往往有独立财务体系，与被挂靠方的财务核算相对分离。若发现这种财务核算上的独立性，也有助于认定挂靠行为。

4. 人事管理方面：

   • 人员组成与管理：若实际从事业务的人员主要由挂靠方招募、组织和管理，被挂靠方缺乏实质性管理和监督，则可能存在挂靠行为。
   • 社保缴纳情况：若参与业务的核心人员社保非由被挂靠方缴纳，而是由挂靠方或其他主体缴纳，这也反映出实际的劳动关系和管理关系，对认定挂靠有参考价值。

5. 其他相关方面：

   • 借用印章、证件等行为：挂靠方通常需要借用被挂靠方的印章、资质证件等以便对外开展业务。若发现此类借用行为且无合理解释，可作为认定挂靠的佐证。
   • 双方约定和实际操作惯例：即使无明确书面协议，但通过双方长期形成的约定或实际操作惯例也可推断出挂靠关系的存在。

法律后果与风险提示：

• 法律明文禁止：根据《中华人民共和国建筑法》第二十六条的规定，禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程。因此，挂靠行为是违法的。
• 协议无效性：各地法院在审理涉及挂靠纠纷时，对于挂靠人与被挂靠企业签订的各类协议一般都认定为无效。这意味着，一旦发生纠纷，挂靠方和被挂靠方都可能面临法律责任。
• 司法解释：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第四条也明确规定，承包人非法转包、违法分包或没有资质的实际施工人借用有资质建筑施工公司名义签订的建设工程施工合同无效。

建议与措施：

• 对于企业而言，应严格遵守相关法律法规，避免参与或支持任何形式的挂靠行为。
• 对于个人而言，在选择合作对象或承接项目时，应仔细核查对方的资质和信誉，避免陷入挂靠纠纷。
• 若发现存在挂靠行为，应及时向相关部门举报，以维护市场秩序和自身合法权益。

综上所述，认定非法挂靠公司需要综合考虑多个方面，且挂靠行为是违法的，相关单位和个人应严格遵守法律法规，避免因此带来的法律风险。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。