关于“公司证件专用章是否可以盖三方协议”的问题，这主要取决于印章的性质、用途以及协议中的具体要求。
首先，我们需要明确“公司证件专用章”与“合同专用章”或“公章”在性质和用途上的区别。公司证件专用章，顾名思义，主要是用于公司证件的办理和确认，如营业执照、税务登记证等文件的盖章，它并不专门用于合同的签订。而合同专用章或公章，则是在企业签订合同、协议等法律文件时使用的，具有明确的法律效力。
接下来，我们分析三方协议的性质。三方协议通常涉及三个或更多方的权益和义务，是具有法律约束力的文件。在签订三方协议时，为了确保协议的法律效力，通常需要使用具有法律效力的印章进行盖章。
现在，我们回到问题本身。如果协议中并未明确规定只能使用特定的印章（如公章或合同专用章），且各方协商一致，那么从实际操作的角度来看，使用公司证件专用章可能并不被直接禁止。然而，这并不意味着使用公司证件专用章盖三方协议就是最佳或最稳妥的做法。因为公司证件专用章的主要用途并非签订合同，使用它可能引发关于协议法律效力的质疑，特别是在发生纠纷时。
建议：
优先使用合同专用章或公章：为了确保三方协议的法律效力，避免潜在的纠纷，建议优先使用合同专用章或公章进行盖章。
明确协议中的印章要求：在签订三方协议前，各方应明确协议中关于印章使用的具体要求，确保使用的印章符合协议规定。
咨询法律专业人士：如果对于印章的使用存在疑问或不确定，建议咨询法律专业人士，以获取更准确、更专业的法律意见。
综上所述，虽然从实际操作的角度来看，使用公司证件专用章盖三方协议可能并不被直接禁止，但为了确保协议的法律效力，避免潜在的纠纷，建议优先使用合同专用章或公章进行盖章。