结论：因自身银行账户被法院查封，委托第三方公司收取工程款这一行为存在较大的法律风险，并不建议直接采取此方式，需根据具体情况谨慎处理。
分析：
合同相对性原则：
- 在建设工程合同中，工程款的支付通常遵循合同相对性原则，即合同双方（发包方与承包方）应按照合同约定履行各自义务。若承包方因自身原因（如账户被查封）无法直接接收工程款，而擅自委托第三方公司收取，可能违反合同约定，构成违约。
委托代理的合法性：
- 若承包方确实需要委托第三方公司收取工程款，应确保该委托行为合法有效。这通常要求承包方与第三方公司签订正式的委托代理合同，明确双方的权利义务，并确保该代理行为不违反法律法规的强制性规定。然而，即便有合法的委托代理合同，若发包方对此并不知情或不同意，仍可能引发纠纷。
法院查封的效力：
- 法院查封银行账户是法律执行措施的一种，旨在保障债权人的合法权益。若承包方因账户被查封而试图通过委托第三方公司收取工程款来规避执行，可能构成对法院执行措施的妨碍，面临法律责任。
可能的法律后果：
- 若承包方擅自委托第三方公司收取工程款，可能面临以下法律后果：一是发包方可能拒绝支付工程款，要求承包方直接接收；二是若发包方已支付给第三方公司，承包方可能因未收到款项而与发包方产生纠纷；三是若该行为被认定为妨碍执行，承包方可能面临罚款、拘留等法律责任。
建议：
- 与发包方协商：承包方应首先与发包方沟通，说明自身账户被查封的情况，并协商是否可以变更支付方式或提供其他担保措施，以确保工程款的顺利支付。
- 寻求法律帮助：若协商无果，承包方应咨询专业律师，了解自身权利义务及可能的法律风险，并在律师指导下采取合法合规的措施。
- 谨慎选择第三方公司：若确实需要委托第三方公司收取工程款，承包方应谨慎选择信誉良好、合法合规的第三方公司，并签订正式的委托代理合同，明确双方的权利义务。
特殊情况：
- 若承包方能够证明委托第三方公司收取工程款是出于必要且合法的目的（如账户被查封导致无法直接接收），并且已获得发包方的明确同意，同时该委托行为不违反法律法规的强制性规定，那么该行为可能被视为合法有效。但即便如此，承包方也应谨慎处理，避免引发不必要的法律纠纷。
总之，因自身银行账户被法院查封而委托第三方公司收取工程款这一行为存在较大的法律风险。承包方应谨慎处理，并在必要时寻求专业律师的法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。