在离婚协议书上明确共同经营的水果店归女方所有，需要遵循一定的法律程序和条款设置，以确保协议的合法性和有效性。以下是一个详细的撰写指南，供您参考：
一、协议开头部分
在协议的开头，应明确双方的基本信息，包括姓名、身份证号码、联系方式等，并声明双方自愿离婚，就财产分割等事项达成一致意见。
二、财产分割部分
明确水果店性质：
- 描述水果店的基本情况，包括名称、地址、经营状况等。
- 确认水果店是否属于夫妻共同财产。如果是共同财产，需进一步说明其来源和投入情况。
水果店归属条款：
- 无贷款、无抵押情况：
- 明确表述：“双方共同经营的位于[具体地址]的水果店，经协商一致，归女方[女方姓名]所有。”
- 可附加条款说明女方需承担的后续责任，如继续经营、支付相关税费等。
- 有贷款、有抵押情况：
- 明确表述：“双方共同经营的位于[具体地址]的水果店，目前存在银行贷款[具体金额]元及抵押情况。经协商一致，该水果店归女方[女方姓名]所有，女方需负责偿还剩余贷款，并在贷款还清后配合办理商铺过户手续。”
- 附加条款可包括贷款偿还的具体方式、时间节点等。
补偿条款（如适用）：
- 如果水果店归女方所有，而男方在经营过程中有较大投入或贡献，可协商设置补偿条款。
- 明确表述：“鉴于男方在水果店经营过程中的投入和贡献，女方同意向男方支付补偿款[具体金额]元，该款项于[支付时间]前支付完毕。”
三、其他相关条款
过户手续：
- 明确双方需配合完成的过户手续，包括但不限于提供必要文件、签署相关协议等。
- 设定过户手续完成的时间节点和违约责任。
违约责任：
- 设定如果一方未按照协议约定履行义务，应承担的违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。
争议解决：
- 明确双方因执行本协议发生争议时，应首先通过友好协商解决；协商不成的，可向有管辖权的人民法院提起诉讼。
四、协议结尾部分
在协议的结尾，应由双方签字、盖章，并注明签订日期。同时，可附上相关证明材料，如水果店的经营许可证、产权证明等。
示例条款
“双方共同经营的位于XX市XX区XX路的水果店，经协商一致，归女方[女方姓名]所有。该水果店目前无银行贷款及抵押情况。女方需继续经营该水果店，并承担相关税费及法律责任。双方应在本协议签订后XX日内，共同前往相关部门办理商铺过户手续。如一方未按照本协议约定履行义务，应向对方支付违约金XX元，并赔偿因此造成的损失。”
请根据实际情况调整上述条款，并在签署前咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。