非法转让土地使用权罪由公安机关进行调查。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与调查主体
根据我国相关法律规定，非法转让土地使用权罪属于刑事犯罪范畴。对于此类刑事犯罪的调查，通常由公安机关负责。公安机关作为国家的治安行政和刑事司法机关，具有对刑事犯罪进行侦查的法定职责。因此，在涉嫌非法转让土地使用权罪的情况下，公安机关会依法展开调查工作。
二、调查流程与内容
立案：公安机关在接到相关报案或举报后，会进行初步审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，会依法立案。
侦查：立案后，公安机关会展开侦查工作，包括收集证据、询问犯罪嫌疑人、证人等，以查明案件事实。在非法转让土地使用权罪的调查中，公安机关会重点调查转让行为是否违反土地管理法规、是否以牟利为目的、情节是否严重等方面。
采取强制措施：在侦查过程中，如果认为犯罪嫌疑人可能逃跑、毁灭证据或继续实施犯罪行为，公安机关可以依法对其采取刑事拘留、逮捕等强制措施。
移送审查起诉：侦查终结后，公安机关会将案件移送人民检察院审查起诉。人民检察院会对案件进行审查，认为符合起诉条件的，会依法向人民法院提起公诉。
三、法律后果与责任
如果行为人被认定构成非法转让土地使用权罪，将面临严厉的法律后果。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，以牟利为目的，违反土地管理法规，非法转让、倒卖土地使用权，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法转让、倒卖土地使用权价额百分之五以上百分之二十以下罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处非法转让、倒卖土地使用权价额百分之五以上百分之二十以下罚金。
四、建议与注意事项
遵守土地管理法规：行为人应严格遵守土地管理法规，不得非法转让土地使用权。如果需要转让土地使用权，应依法办理相关手续。
及时咨询专业律师：如果行为人涉嫌非法转让土地使用权罪或面临相关调查，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律后果。
配合调查工作：在公安机关进行调查时，行为人应积极配合调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。不得隐瞒、伪造证据或阻碍调查工作。
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